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Nature Methods
厚样本冷冻电镜成像新突破:tcBF-STEM显著提升剂量效率与图像清晰度

2025-10-19
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本文介绍了一种新型冷冻电镜成像技术——tcBF-STEM,该方法在厚样本成像中展现出显著优于EFTEM的剂量效率和图像对比度,为厚生物样本的高分辨率结构研究提供了更优选择。

 

文献概述
本文《Dose-efficient cryo-electron microscopy for thick samples using tilt-corrected scanning transmission electron microscopy》发表于《Nature Methods》杂志,回顾并总结了一种基于扫描透射电子显微镜(STEM)的厚样本成像技术,该技术通过角度校正实现相位对比增强,同时显著提高信号利用率和剂量效率,适用于完整细菌细胞和大型细胞器的成像。

背景知识
冷冻电子显微镜(cryo-EM)在结构生物学中具有重要地位,尤其在解析近天然状态下生物大分子结构方面。单颗粒分析(SPA)和冷冻电子断层成像(cryo-ET)是主要技术路线,其中SPA适用于高分辨率结构解析,而cryo-ET则用于在细胞背景下解析分子结构。然而,厚样本成像一直是cryo-EM的挑战,主要由于电子信号在厚样本中因非弹性散射而衰减,导致图像模糊和对比度下降。传统方法如能量过滤(EFTEM)虽可减少非弹性散射影响,但代价是显著降低信号强度。本文提出的方法——tcBF-STEM,通过利用像素化探测器记录的4D-STEM数据,结合角度依赖的图像位移校正,显著提高了图像信噪比和剂量效率,尤其在500–800 nm厚度范围内表现出3–5倍的剂量效率提升。此外,该方法还实现了亚纳米级分辨率的病毒样颗粒3D重构,验证了其在结构分析中的可行性。

 

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研究方法与实验
研究团队采用4D-STEM技术,使用像素化探测器记录完整的电子衍射图,随后通过逐像素图像位移校正和信号叠加,实现tcBF-STEM图像重建。该方法在不损失相位对比的前提下显著提高信号利用率。研究中,团队在厚样本(如线粒体、大肠杆菌)上进行tcBF-STEM与EFTEM的对比实验,评估图像对比度、信噪比(SNR)及剂量效率。此外,通过789个病毒样颗粒(VLP)的单颗粒分析,验证tcBF-STEM在3D重构中的可行性。

关键结论与观点

  • tcBF-STEM在厚样本成像中显著优于EFTEM,图像对比度和SNR均更高,尤其在500 nm以上厚度样本中剂量效率提升3–5倍。
  • 通过图像位移校正和信号叠加,tcBF-STEM可恢复传统STEM成像无法获取的高频信息,突破扫描Nyquist极限,实现7倍以上信息提升。
  • 该方法适用于完整细胞和厚组织样本,无需复杂光学校正即可获得清晰相位对比图像,适合快速数据采集和实时监控。
  • 在单颗粒分析中,tcBF-STEM实现了7 Å分辨率的3D重构,验证了其在结构解析中的潜力,尤其在厚样本中具有独特优势。

研究意义与展望
tcBF-STEM为厚样本的冷冻电子显微镜成像提供了新的解决方案,有望在结构生物学、药物研发和细胞超微结构分析中广泛应用。未来研究将聚焦于优化探测器速度、引入运动校正及探索更高分辨率极限,以进一步提升该技术在高通量和低剂量成像中的表现。

 

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结语
本文提出了一种剂量高效、无需能量过滤的厚样本成像技术——tcBF-STEM。该方法通过像素化探测器采集和图像位移校正,显著提升了图像信噪比和对比度,尤其在完整细胞和厚组织成像中表现出色。与EFTEM相比,tcBF-STEM在500 nm以上厚度样本中展现出3–5倍的剂量效率提升,并成功解析了7 Å分辨率的病毒样颗粒3D结构。这一技术突破为厚样本的结构解析提供了新的路径,尤其在冷冻电子断层成像、亚细胞结构分析和药物靶点定位方面具有广泛应用前景。尽管当前系统受限于探测器速度,但随着新一代高速像素化探测器的普及,tcBF-STEM有望在成像效率与分辨率方面实现进一步提升,为结构生物学研究提供更优工具。

 

文献来源:
Yue Yu, Katherine A Spoth, Michael Colletta, David A Muller, and Lena F Kourkoutis. Dose-efficient cryo-electron microscopy for thick samples using tilt- corrected scanning transmission electron microscopy. Nature Methods.