敲入基因可能会改变细胞的表型，包括细胞表面标志物的表达。流式细胞术可以用来分析这些变化，从而帮助理解敲入基因对细胞特性的影响。如果敲入的是荧光或发光标记基因（如GFP、YFP、RFP等），流式细胞术可以用来追踪和定量这些标记基因在活体内的表达，以及标记细胞在体内的分布和迁移。