DNA质量问题的原因和解决方法
注：阳性对照为验证过DNA质量正常的样本。
样本质量不佳：样本整体或个别相对于质量正常对照条带偏弱或无条带，且空白对照正常（排除污染原因），重复实验扩增情况无改善，基本可以判断弱带或无带样本DNA质量差。
原因1-DNA杂质较多或降解失效
解决措施：
1）使用新鲜制备的DNA：长期放置或反复冻融会导致DNA模板断裂、开环或降解，建议使用新鲜制备的DNA双链作为模板；
2）加样操作：查看样本管，对于含有毛发等杂质的样本，使用前12,000 rpm 离心1–2分钟，使杂质沉淀至管底，取上清液进行后续实验。
原因2-提取质量差
解决措施：重新剪取新鲜组织，重新提取DNA。
1）组织取样大小：宁少勿多，适量最佳。鼠爪为例，推荐取样长度0.1-0.2cm（鼠龄较大可适当缩短取样长度如0.1 cm），选择少毛部位。若组织较大，可将组织剪成小块或使用液氮研磨后再裂解。
鼠爪样本
2）组织样本的采集：取好的组织样本应尽快进行DNA提取，避免室温放置过久。若无法立即提取，建议将组织样本置于冰上或-20°C/-80°C保存，避免反复冻融。
3）DNA提取试剂：Proteinase K、挥发性试剂等现配现用，保存得当，避免失效或效率降低；重要试剂做好使用标记；裂解样本时，保证样本完全浸没在裂解试剂中，避免样本裂解不完全。
4）选择或更换DNA提取方式：根据模板来源、扩增片段及实验条件选择；
|
方法 |
耗时 |
适用场景 |
|
|
快速裂解 |
快速提取试剂盒 （Vazyme #P073） |
15-30min |
DNA质量稳定性差，适合细胞、囊胚或者天龄小的鼠爪样品 |
|
粗提 |
Triton X100裂解法 |
过夜裂解 |
批量样本处理，操作简单，价格便宜，DNA纯度低，比较适合1000 bp以内短片段PCR扩增 |
|
精提 |
DNA提取试剂盒 （TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction kit ) |
过夜裂解 （吸附柱） |
操作相对繁琐，成本相对高昂，DNA纯度高，适合困难序列和长片段PCR扩增 |
|
磁珠法提取 |
过夜裂解 （核酸提取仪） |
||
5）裂解后状态判断及优化：
- 样本粘稠：若裂解过夜后液体仍呈凝胶状或粘稠难以吸取，说明DNA浓度较高或含有杂质，建议稀释样本后再进行实验。
- 部分组织未完全消化：说明取样过大，裂解液量过少。建议减少取样量，将组织剪成小块后再裂解，或者适当加多裂解液。
