引物二聚体：引物（之间或自身）部分碱基互补配对而形成的短双链DNA片段，整体大小在100bp以下的位置。

原因1-引物设计问题

引物设计不合理，引物之间（尤其3'端）存在互补序列，引物自身可形成发夹结构。

解决措施：

使用软件（NTI等）或网站（NCBI等）检查引物序列是否存在互补或发夹结构。重设引物，避免引物3'端互补以及发夹结构。

原因2-PCR体系程序问题

引物浓度过高，模板量过低，引物之间竞争性结合的概率升高；PCR循环数过多。

解决措施：

• PCR体系：核查引物稀释浓度，减少体系中引物用量，保证充足模板量，减少非特异性结合。
• PCR程序：提高退火温度，减少循环数（<35）；