在繁育过程中，Cre重组酶通常不会降低活性。

通常，Cre酶在转基因小鼠繁育中被广泛应用，并没有显著的活性丧失问题。不过，为确保Cre酶在繁育过程中维持正常功能，建议定期进行基因型鉴定和活性检测。

例如，多拷贝转基因模型：若一个转基因Cre小鼠是多拷贝串联存在，在繁育过程中可能存在一定概率丢失部份拷贝的情况，从而导致Cre表达降低，而使活性降低，对于这种品系。我们建议每隔几代对转基因拷贝数进行检测，确保子代与原始亲本保持一致。也可以将原始亲本冻存精子，每隔几代，复苏原始Founder的精子。