同源重组主要发生在细胞周期的S期和G2期。这是因为同源重组需要DNA的复制和修复机制，而这些过程在这两个阶段是最活跃的。在转入donor DNA后，重组最有可能发生在细胞的S期和G2期。如果希望提高同源重组的效率，通常建议在细胞处于这两个阶段时进行转染。通过同步细胞周期或选择合适的细胞类型，可以进一步优化重组效率。