基因拷贝数（copy number）是指某一种基因或某一段特定的DNA序列在单倍体基因组中出现的数目。在进行细胞的敲除实验时，建议在开始实验之前确定目标基因的拷贝数，因为拷贝数过高或过低都会影响敲除效果。当拷贝数过高时，各个拷贝的突变类型难以完全相同，所以获得纯合细胞系的概率较低。可根据敲除效率公式来理解KO Rate=E^N C（细胞基因拷贝数N，克隆形成率C）。当拷贝数过低时，克隆形成率低，影响敲率低。