AAV在细胞内主要是以环状dsDNA附加体（circularised dsDNA episomes）的形式存在，不像慢病毒能够将病毒基因组整合到宿主细胞的基因组中。对于分裂不旺盛的细胞，如神经元，AAV则可持续表达半年或1年以上；对于分裂较旺盛的细胞，一般也可维持3~6个月或以上。临床上有证据表明，AAV的有效性可维持数年至十余年。