由于目的基因在不同组织中功能不同，以及同一组织的不同细胞中功能也可能不同，所以我们实验过程中经常需要进行特异性表达。

• 组织特异性血清型：不同血清型的AAV具有不同的组织嗜性，因此首先要选择对特定组织感染能力强的血清型AAV。
• （细胞）特异性启动子：血清型主要利用侵染特异性，而启动子则是利用表达特异性，如某种特异性启动子的AAV2，可侵染多种组织，但仅在某特定细胞表达。
• 局部注射：比如脑立体定位注射、视网膜下注射、心脏原位注射等。

此外还可采用Cre依赖性基因开关（如Cre-loxP系统），如用特异性启动子含Cre酶的AAV注射loxP小鼠实现特定组织或细胞目的基因的敲除。