RPE层位于脉络膜和视锥视杆细胞内外节层之间，是一层非常薄的细胞层。现有的分离手段，可有效将脉络膜层和RPE层作为一个整体分离出来。RPE层由于很薄，所以很难再有效地将脉络膜层和RPE层区分。目前也有一些研究人员，在分离出脉络膜层和RPE层之后，通过酶消化和流式分选的方式，将RPE层分离出来，但是这种方法的效率较低，且分离出来的RPE细胞活性也不高。