近交系指经过至少连续20代全同胞交配或亲子交配，个体基因组99%以上的等位位点为纯合的群体。具有基因纯和性、遗传组成同源性、表现型一致性、对外界因素敏感性、背景资料可查性等特征。由于近交衰退，生活力弱，对饲养环境及营养要求高。常用的近交系有C57BL/6、FVB、Balb/c、F344。
1.C57BL/6小鼠：毛色为黑色，分为C57BL/6J和C57BL/6N，该品系小鼠基因组测序结果已公布，广泛应用于肿瘤、免疫、遗传学等方面的研究。
2.FVB小鼠：毛色为白色，原核大、清晰，基因型比较单一，由于FVB小鼠受精卵中的原核突出显着且生产性能好、产仔数大，常用于转基因显微注射。
3.Balb/c小鼠：毛色为白色，对实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）和实验性过敏性睾丸炎（EAO）具有抗性，对放射线极为敏感。乳腺癌发病率低，但随着年龄增长，患其他癌症（如肺癌和肾癌）的几率大为增加。有一定几率的卵巢、肾上腺和肺部肿瘤、白血病的发生。容易出现咬尾现象，建议笼盒中存放一些木块或者其他环境丰富物，减少咬尾的现象。  
4.F344大鼠：毛色为白色，眼睛红色，旋转运动性差，血清胰岛素含量低，脑垂体大，癌症发生的研究中应用较多。