Studies in Mycology
基于系统基因组学的蘑菇目Agaricineae亚目科级分类体系全面重构
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该研究通过大规模基因组数据揭示了Agaricineae内多个科的非单系性问题，为真菌分类学与系统发育研究提供了关键框架，尤其对蘑菇多样性和生态功能研究具有直接指导意义。
文献概述
本文《Re-shaping the family-level classification of Agaricineae (Agaricales, Basidiomycota) using a phylogenomic approach》, 发表于《Studies in Mycology》杂志，系统探讨了蘑菇目Agaricineae亚目的科级分类体系。研究基于86个物种的基因组数据，结合博物馆标本的浅层全基因组测序，重新构建了该类群的系统发育关系。结果提出五个新科，并对多个科的范围进行了修订，解决了长期存在的分类混乱问题。研究还引入了八个非正式“超科”分类单元，为后续真菌系统学研究提供了清晰的框架。背景知识
该研究解决的蘑菇分类学痛点。传统形态学分类在Agaricineae中长期存在科级关系不明确、多系群问题，导致系统发育关系混乱。目前分子系统发育的研究瓶颈在于缺乏足够的基因组尺度数据来稳定深层节点关系，尤其对于历史标本和难以培养的物种。选题切入点在于利用“fungariomics”和“museomics”策略，从干燥标本中提取全基因组数据，极大拓展了取样范围。通过使用BUSCO基因集进行系统基因组分析，研究克服了传统单/少数基因片段分辨率不足的问题，为真菌进化研究提供了高可信度的系统发育树。
研究方法与核心实验
作者使用了25个来自1997–2016年间采集的干燥菌物标本，进行浅层全基因组测序（WGS），并结合公共数据库中的基因组数据，构建了包含86个Agaricineae物种和5个外群的超级矩阵。实验体系基于Illumina测序平台，使用SPAdes进行基因组组装，并通过BUSCO评估基因组完整性。关键证据来自3,867个单拷贝直系同源基因的比对与系统发育分析，采用ASTRAL-coalescent方法构建物种树，节点支持度极高（除Bolbitiaceae分支为0.97，其余均为1）。基因树冲突分析显示大多数科级节点低度冲突，支持分类的稳定性。Key conclusions and perspectives
研究意义与展望
该发现对真菌分类学、生态功能解析和生物地理研究具有深远影响。稳定的分类系统是理解真菌多样性格局和演化历史的基础，尤其对于土壤关键属如Cortinarius和Inocybe。此外，该研究为真菌DNA条形码数据库的构建提供了可靠的参考框架，有助于提升环境样本的物种注释准确性。
结语
本研究通过系统基因组学方法，彻底重构了蘑菇目Agaricineae的科级分类体系，解决了长期存在的分类争议。提出的五个新科和八个“超科”单元为真菌系统学研究提供了全新的框架。研究成功利用博物馆标本进行基因组测序，展示了museomics在真菌研究中的巨大潜力。这一成果不仅提升了我们对蘑菇类真菌演化关系的理解，也为后续的生态学、环境监测和生物多样性调查提供了坚实的分类基础。从实验室到野外，该研究为真菌多样性研究树立了新标准，是真菌系统学领域的重要里程碑。
