iPSC的诱导分化类型与重编程前的细胞类型存在一定关联，主要体现为原始细胞的表观遗传记忆会导致iPSC对特定分化谱系的“偏好性”。但这种关联并非绝对，通过优化重编程技术和分化条件，可显著减弱这种影响，使iPSC最终仍能实现多向分化潜能（理论上可分化为机体所有细胞类型）。

同谱系分化更高效：例如，来自造血细胞（如B淋巴细胞、T淋巴细胞）的iPSC，在诱导分化为血液细胞（红细胞、白细胞等）时，效率显著高于来自成纤维细胞（皮肤细胞）的iPSC。