首先，纯杂合的概念主要应用定点打靶，所以要确定工具鼠是什么打靶方式。

目前常用的Cre小鼠模型通常采用转基因技术构建，可能会出现转基因元件随机插入而破坏内源性基因表达的情况，但目前对其基因随机插入位点的鉴定和研究非常少。

当Cre重组酶表达量高到足以影响细胞生理学，或当Cre重组酶错误识别与loxP位点相似的基因组序列时，会发生Cre毒性，导致在没有loxP位点存在的情况下，也会造成纤维细胞、胃细胞和精子等组织中DNA的损伤。

大多数Cre工具鼠在杂合状态时所表达的Cre重组酶水平足以诱导重组的发生，考虑到转基因小鼠在培育至纯合状态时可能会发生的多种副作用，因此建议使用携带Cre重组酶元件的杂合小鼠与Flox小鼠进行交配以开展实验，并以Cre小鼠本身（不含任何Floxed序列）为对照组，以最大限度地减少转基因随机插入的意外后果。