在构建点突变与基因敲入细胞系时，引入同义突变存在一定的风险，但并非绝对必要。以下是具体分析：

引入同义突变的风险

1. 影响转录后加工和调节：

• 密码子偏好性改变：生物体内存在密码子偏好性，某些密码子的使用频率更高。引入同义突变可能会改变密码子的偏好性，进而影响翻译效率。例如，在某些情况下，使用非偏好密码子可能会导致翻译速度减慢，甚至影响蛋白质的折叠方式。

• mRNA空间构象改变：同义突变可能会改变mRNA的二级结构，影响其稳定性或与核糖体的结合效率，从而影响翻译效率。例如，某些同义突变可能导致mRNA形成更稳定的发夹结构，阻碍核糖体的结合，降低翻译效率。

• 外显子剪切错误：少数同义突变可能会导致外显子剪切错误，类似于剪切位点突变。这可能会导致mRNA的异常剪接，产生错误的蛋白质。

2. 多转录本问题：如果基因存在多个转录本，针对单一转录本设计的同义突变可能对其他转录本产生错义突变或无义突变，从而影响其他转录本的功能。

不引入同义突变的考量

1. 降低阳性克隆概率：不引入同义突变可能会导致获得阳性克隆的概率降低。因为没有同义突变来避免二次切割，需要筛选更多的克隆进行测序验证，这会增加实验的时间和成本。

2. 实验需求与权衡：对于一些对时间、成本和阳性克隆概率要求不高的实验，可以考虑不引入同义突变。但对于需要高效筛选和确保功能的实验，引入同义突变可能是必要的。

总结
引入同义突变并非绝对必要，而是需要根据具体的实验需求和目标进行权衡。如果实验对阳性克隆概率和筛选效率要求较高，且能够接受同义突变带来的潜在风险，则可以考虑引入同义突变；如果实验对时间和成本较为敏感，且对阳性克隆概率要求不高，则可以不引入同义突变，但需要做好更多的克隆筛选和验证工作。