Cre工具鼠传统的方法就是通过TG打靶，将Cre随机插入到小鼠体内，如果需要包含更多基因表达相关的调控元件序列的话则使用BAC转基因的方式。这种方式简单直接，目的就是在小鼠体内表达Cre酶，缺点就是不能确定打靶位置，这就可能导致flox与Cre在同一条染色体上，那就无法获得重组后的纯合子。随机插入还会导致其他基因片段被破坏引起小鼠的致死或则异常。随着基因编辑技术的进步，现在多数可以进行精准打靶，通过将Cre基因定点敲入相关内源基因位点，依靠内源性基因调控序列确定Cre表达特征。如果不想破坏内源基因，则可以选择Rosa26、H11这样的安全位点敲入Cre。