雌激素诱导型Cre是通过将雌激素受体（estrogen receptor，ER）的配体结合区与Cre重组酶相融合，形成定位于细胞质中的融合蛋白（Cre-ER）。在无雌激素诱导剂情况下，其与细胞质中HSP90结合，以非活性状态存在于细胞质，无法发挥Cre-loxP重组系统作用。在雌激素诱导后，融合的Cre蛋白才会通过构象变化从锚定蛋白HSP90上解离下来，进入细胞核，识别基因组上的loxp位点并发生重组。这样就通过控制雌激素的注射时间，可以实现对基因重组时间特异性的调控。

Cre-ER是将人类雌激素受体ER结合区与Cre重组酶相融合的诱导Cre。有可能会因动物本身分泌的雌激素影响。为了避免内源性的雌激素的干扰，研究者改造出一种配体结合区发生突变的Cre-ERT（G521R），其使Cre-ER只响应外源的人工合成雌激素（Tamoxifen等）。后面研究者又发现另一种配体结合区包含3个点突变的Cre-ERT2（C400V/M453A/L544A），具有远高于Cre-ERT的敏感性。MerCreMer由Cre重组酶与两侧各有一个突变的鼠雌激素受体 （mer）配体结合域（氨基酸281-599，G525R）组成，可以降低未加药就进入胞核的概率，避免提前泄露。