转移性肾细胞癌中异常剪接景观的系统表征揭示与免疫治疗响应相关的新型生物标志物
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该研究系统揭示了mRCC中异常剪接事件与免疫治疗及靶向治疗响应的关联，为肿瘤微环境研究提供了新的转录组学维度，提示剪接异构体可作为预测性生物标志物开发的重要方向。
文献概述
本文《Characterization of aberrant alternative splicing landscape in patients with metastatic renal cell carcinoma》，发表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》杂志，系统探讨了转移性肾细胞癌（mRCC）患者在接受免疫检查点抑制剂（ICIs）和靶向治疗（TT）后，异常可变剪接（AS）事件的全景观特征及其与临床响应的关系。研究结合RNA测序与生物信息学分析，识别出与治疗响应显著相关的剪接事件，并预测其编码的新生抗原潜力。结果表明，内含子保留（intron retention）是主要的异常剪接模式，且高剪接负荷与免疫原性肿瘤微环境相关。该研究为mRCC的精准治疗策略提供了潜在的剪接相关生物标志物和免疫治疗新靶点。背景知识
肾细胞癌（RCC）是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一，其中约30%的患者初诊即为转移性（mRCC），预后较差。尽管ICIs联合靶向或免疫治疗已成为标准一线方案，但响应率有限且缺乏可靠的预测生物标志物。目前临床常用的标志物如PD-L1表达和微卫星不稳定性在mRCC中预测效能有限。此外，肿瘤突变负荷（TMB）在mRCC中通常较低，限制了基于突变衍生新生抗原的免疫治疗策略。因此，寻找非突变依赖的抗原来源成为突破瓶颈的关键。可变剪接（AS）是调控蛋白多样性的重要机制，异常剪接（如exon skipping、intron retention）可产生肿瘤特异性异构体，进而生成潜在新生抗原。已有研究表明AS在多种癌症中驱动肿瘤进展，但在mRCC中尚未系统刻画。本研究正是基于此切入点，探索AS是否可作为mRCC治疗响应的预测标志和免疫干预新靶点。
研究方法与核心实验
研究团队回顾性纳入101例接受系统治疗的mRCC患者，所有患者均进行了肿瘤组织RNA测序。根据治疗方案将患者分为免疫治疗组（IO，n=91）和靶向治疗组（TT，n=77）。治疗响应依据RECIST 1.1标准定义：完全/部分缓解或疾病稳定≥6个月为“响应者”，其余为“非响应者”。采用SplAdder和Bisbee流程进行剪接事件识别与差异分析，重点分析了五种剪接类型：外显子跳跃（exon skipping）、5'和3'剪接位点变异、互斥外显子及内含子保留。通过MHC-I结合预测（NetMHCpan）和免疫原性评分（DeepHLApan）评估剪接衍生肽的新生抗原潜力。同时，通过基因集富集分析（GSEA）探究高剪接负荷样本的免疫微环境特征。研究使用了临床来源的肿瘤转录组数据，未涉及动物模型，但其分析流程可为后续功能验证提供明确候选。关键结论与观点
研究意义与展望
该研究首次系统描绘了mRCC中异常剪接的全景图谱，揭示intron retention为关键剪接模式，并与治疗响应和免疫激活相关。这为开发基于RNA剪接的生物标志物提供了坚实基础，未来可通过RT-PCR或纳米孔测序在临床样本中快速检测关键剪接事件。此外，AS-新生抗原的鉴定为个性化疫苗或T细胞疗法提供了新靶点，尤其适用于低TMB的mRCC患者。
从机制角度看，剪接因子（如SRSF1、U2AF1）是否驱动这些异常剪接事件仍需功能验证。可通过基因敲入细胞系或点突变细胞系模型在体外模拟特定剪接异构体，评估其对肿瘤增殖、免疫逃逸的影响。同时，构建人源化小鼠模型（如免疫系统人源化小鼠）可用于体内验证新生抗原特异性T细胞反应。
结语
本研究确立了异常可变剪接在转移性肾细胞癌（mRCC）治疗响应中的关键作用，特别是内含子保留（intron retention）作为潜在的通用生物标志物。通过整合转录组与免疫原性分析，研究不仅揭示了剪接异构体与肿瘤微环境免疫表型的关联，还预测了多个高亲和力新生抗原，为开发新型免疫治疗策略提供了理论依据。从实验室到临床，这些发现有望推动基于RNA剪接特征的患者分层体系，并为低突变负荷肿瘤提供新的抗原来源。未来研究应聚焦于关键剪接事件（如PTPN6、IFFO1）的功能验证与临床转化，结合肿瘤药效评价服务和体外检测平台，加速从机制发现到治疗应用的进程。该工作为mRCC的精准免疫治疗开辟了新路径，具有重要的转化医学价值。
