Leukemia
整合全基因组和转录组测序提升儿科AML诊断效能

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本研究系统回顾了整合全基因组测序（WGS）与全转录组测序（WTS）在儿科急性髓系白血病（AML）分子诊断中的应用。该方法显著提升了遗传变异的检出率，尤其是在检测罕见或隐匿性基因融合事件方面，相比传统核型分析与FISH检测，iWGS-WTS能更全面地识别驱动基因变异，从而改善疾病分子分类和风险评估。

 

文献概述
本文《Clinical experience of using integrated whole genome and transcriptome sequencing as a framework for pediatric and adolescent acute myeloid leukemia diagnosis and risk assessment》，发表于《Leukemia》杂志，回顾并总结了整合全基因组和全转录组测序在儿科AML诊断中的应用经验。文章指出，该方法在诊断效率、分子分型准确性及风险评估方面均优于传统方法。

背景知识
急性髓系白血病（AML）是一种异质性强的血液系统恶性肿瘤，尤其在儿童及青少年患者中，其遗传特征与成人AML存在显著差异。目前，AML的分子诊断主要依赖于核型分析、FISH检测及靶向NGS测序，但这些方法在检测复杂或低频遗传变异时存在局限。随着高通量测序技术的发展，全基因组和全转录组测序（WGS/WTS）逐渐成为一种无偏倚的基因组分析工具，能够系统性地识别点突变、拷贝数变异、基因融合事件等。本研究基于St. Jude医院的临床数据，探讨了WGS和WTS整合策略在AML分子诊断中的优势，特别关注其在检测隐匿性基因融合、低频变异及等位基因特异性表达中的表现，为未来临床分子诊断提供新的技术路线。

 

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研究方法与实验
研究纳入153例儿科AML患者，所有病例均接受配对肿瘤-正常样本的全基因组和全转录组测序（iWGS-WTS），并与传统核型分析、FISH、靶向NGS及WES进行对比。测序数据评估包括SNV、indel、拷贝数变异（CNV）及基因融合事件的检测一致性，并分析不同测序方法在不同变异类型中的敏感性与特异性。

关键结论与观点

• iWGS-WTS在检测SNV/indel方面表现优异，VAF≥5%的变异检出率达96%，与WES高度一致（r=0.9）。
• 在检测FLT3-ITD、KMT2A-PTD及CBL缺失等基因组变异时，iWGS-WTS相比传统核型分析更敏感，尤其在识别隐匿性染色体重排如RUNX1::RUNX1T1、CBFB::MYH11、KMT2A::MLLT3等AML驱动融合。
• WTS在识别基因融合事件方面与WGS高度一致（98%），且在增强子劫持（enhancer hijacking）事件中提供额外的表达支持，提升融合事件的诊断可靠性。
• 在复杂核型AML中，iWGS-WTS成功识别7/9例驱动事件，包括bial等位基因TP53突变、NUP98::KDM5A融合等，而传统核型分析无法识别。
• 整合方法在诊断效率、检测一致性及资源节约方面均优于传统方法，为儿科AML分子诊断提供可行的一站式解决方案。

研究意义与展望
本研究展示了iWGS-WTS在儿科AML分子诊断中的高灵敏度与特异性，为临床提供更高效、全面的基因组信息整合策略。未来研究可进一步优化测序深度与分析流程，缩短报告周转时间，同时探索该方法在其他血液系统恶性肿瘤中的适用性，推动其在临床基因组学中的广泛应用。

 

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结语
本研究系统评估了整合全基因组与全转录组测序在儿科AML分子诊断中的临床价值，证实其在检测驱动基因变异、融合事件及拷贝数异常方面的优越性。该方法不仅提高了分子分型的准确性，还减少了重复检测的需求，为儿科AML的精准医学实践提供了新的标准化路径。研究建议，未来临床实验室应考虑iWGS-WTS作为一线分子诊断工具，以支持个体化治疗决策和风险分层管理。

 

Rebecca K Voss, Victor B Pastor Loyola, Maria F Cardenas, Jeffery M Klco, and Lu Wang. Clinical experience of using integrated whole genome and transcriptome sequencing as a framework for pediatric and adolescent acute myeloid leukemia diagnosis and risk assessment. Leukemia.