Cancer research
Spatial Multi-omics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas

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该研究利用空间多组学方法在高级别胶质瘤的切除边缘定义了共享的肿瘤浸润特征，为残留肿瘤的生物学研究提供了新资源。

 

文献概述
本文《Spatial Multi-omics Defines a Shared Tumor Infiltrive Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas》，发表于《Cancer Research》杂志，回顾并总结了高级别胶质瘤（HGG）在切除边缘的肿瘤浸润特征，通过单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）和空间转录组学（ST）等多组学方法，揭示了EGFR和TEAD1在肿瘤迁移中的潜在作用。文章还提供了高通量数据资源，用于进一步研究残留肿瘤的生物学特性。

背景知识
高级别胶质瘤（HGG）是一类异质性强且具有高度侵袭性的脑肿瘤，手术切除后残留的肿瘤边缘是治疗耐药和复发的关键区域。然而，目前对肿瘤边缘的生物学特性研究较少，部分原因是缺乏合适的模型和高分辨率技术。本研究利用单核测序和空间转录组学，系统分析了肿瘤核心和边缘区域的基因表达、染色质可及性和转录因子调控网络。研究团队还通过CRISPR/Cas9敲除实验验证了EGFR在肿瘤迁移中的功能，同时结合ChIP-seq分析揭示了TEAD1对EGFR的调控作用。这些方法为研究肿瘤边缘微环境提供了新的视角，同时为开发靶向残留肿瘤的治疗策略奠定了基础。

 

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研究方法与实验
研究团队收集了8例高级别胶质瘤患者的手术组织样本，分别来自肿瘤核心和切除边缘区域。样本经过单核RNA测序（snRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）分析，并结合空间转录组学（ST）以获取空间信息。通过计算分析，包括功能富集、差异基因表达、染色质可及性分析、转录因子调控网络重建以及RNA velocity和pseudotime轨迹分析，研究团队定义了核心和边缘区域之间的肿瘤浸润特征。此外，使用CRISPR/Cas9技术在患者来源的胶质瘤细胞系中敲除EGFR，并结合ChIP-seq研究TEAD1对EGFR的调控机制。

关键结论与观点

• 高级别胶质瘤（HGG）的切除边缘具有共享的肿瘤浸润特征，该特征在不同基因型的肿瘤中高度一致。
• EGFR在肿瘤边缘中高表达，并在多个HGG亚型中显示沿核心到边缘迁移轨迹的动态表达。
• CRISPR/Cas9介导的EGFR敲除实验验证了其在胶质瘤细胞迁移中的功能。
• TEAD1作为EGFR的转录调控因子，在肿瘤边缘中显示出增强的结合活性。
• 多组学数据集整合了snRNA-seq、snATAC-seq和ST数据，为肿瘤边缘微环境研究提供了开放资源。

研究意义与展望
本研究首次在多个HGG亚型中揭示了共享的肿瘤浸润特征，为靶向残留肿瘤提供了新的分子标志物。未来可基于该特征开发更精准的治疗策略，并进一步探索TEAD1/EGFR信号轴在肿瘤边缘微环境中的作用。多组学资源还可用于分析其他肿瘤类型中的边缘侵袭机制，为个性化治疗提供参考依据。

 

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结语
本文通过整合单核测序和空间转录组学，揭示了高级别胶质瘤（HGG）切除边缘的共享肿瘤浸润特征，EGFR和TEAD1在该区域显示出关键调控作用。该研究为残留肿瘤的治疗策略提供了新的分子靶点，并建立了可公开访问的多组学数据资源，助力未来肿瘤微环境和靶向治疗研究。通过进一步分析这些边缘区域的基因表达和调控机制，有望为HGG的精准医疗提供支持，特别是在术后放化疗靶向选择和个性化药物开发方面。

 

Balagopal Pai, Susana Isabel Ramos, Wan Sze Cheng, Elena Zaslavsky, and Nadejda M Tsankova. Spatial Multi-omics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas. Cancer research.