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Nature Methods
高分辨率成像质细胞术实现亚细胞结构的高精度绘制

2025-12-13

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本文开发了一种高分辨率成像质细胞术(HR-IMC),通过过采样与点扩散函数(PSF)反卷积方法,将空间分辨率提升至350 nm以下,首次实现了亚细胞结构的高精度可视化。该方法在患者来源的卵巢癌细胞中成功应用,揭示了化疗诱导的亚细胞结构扰动,为疾病机制研究和药物开发提供了全新工具。

 

文献概述
本文《High-resolution imaging mass cytometry to map subcellular structures》,发表于《Nature Methods》杂志,回顾并总结了成像质细胞术(IMC)在亚细胞结构解析方面的局限性,并介绍了一种基于过采样与反卷积的高分辨率IMC方法(HR-IMC),显著提升成像精度,实现了对核仁、线粒体网络等亚细胞结构的清晰识别。该方法在多种组织类型中进行了验证,展示了其在疾病机制研究中的广泛应用潜力。

背景知识
IMC是一种多路复用成像技术,广泛用于细胞表型和组织空间组织分析。然而,其空间分辨率限制在1 µm,难以解析亚细胞结构。近年来,多种成像技术如免疫荧光显微术(IF)和超分辨率成像技术在高分辨率方面取得进展,但存在自发荧光、反复漂白导致组织损伤等问题。Deep Visual Proteomics等新兴平台虽可结合IF与质谱技术,但空间精度仍不足以解析亚细胞区室。因此,开发一种不依赖额外成像技术的高分辨率IMC方法具有重要意义。本研究基于IMC成像的物理特性,提出一种新的计算反卷积方法,结合激光过采样,实现了亚细胞分辨率的重建,为疾病机制研究、药物开发和病理分析提供了更精准的分析工具。

 

赛业生物提供高分辨率病理分析配套服务,涵盖多种组织特异性基因表达调控和亚细胞结构相关疾病模型构建,助力HR-IMC数据的下游验证与机制探索。

 

研究方法与实验
HR-IMC通过标准1 µm激光斑点进行亚微米步长采样(如333 nm),产生部分重叠的消融区域。基于交叉圆几何模型计算各亚像素的信号贡献,并结合点扩散函数(PSF)反卷积算法进行图像重建。通过与经典IMC数据的人工卷积比较,验证HR-IMC在核仁、线粒体网络等亚细胞结构中的解析能力。研究进一步使用IF显微术对HR-IMC进行基准测试,评估其与标准IF的相似性,并在多种组织类型中测试HR-IMC的适用性。

关键结论与观点

  • HR-IMC将成像分辨率提升至333 nm,成功解析核仁、Ki-67核斑点、线粒体网络等亚细胞结构,其成像精度与标准IF相当。
  • HR-IMC在信号强度下降的情况下仍保持良好的信噪比(SNR),尤其在多次激光扫描后信号平均化过程中,显著优于经典IMC。
  • 在Hyperion XTi与Hyperion+系统中均实现HR-IMC,前者分辨率可达333 nm,后者受限于载物台精度,最佳分辨率为500 nm,成像速度较慢。
  • HR-IMC显著提升组织分割精度,尤其是在扁桃体等密集细胞区域,避免了经典IMC中BnT细胞合并等问题。
  • 在高分级浆液性卵巢癌(HGSOC)中,HR-IMC检测到化疗后DNA损伤、Ki-67表达下降等亚细胞水平变化,并揭示线粒体网络与细胞膜重构的动态。
  • HR-IMC可与H&E染色、多重IF结合,实现多模态图像配准,提升亚细胞标记的空间定位准确性。


研究意义与展望
HR-IMC突破了IMC在亚细胞结构分析中的技术瓶颈,首次实现了高多重蛋白标记在亚细胞分辨率下的空间分布分析。该方法无需硬件升级,仅需调整激光步长与能量,具备良好的兼容性与可扩展性。未来可结合信号增强技术如SABER-IMC进一步提升灵敏度,也可开发基于AI的自动反卷积策略,优化不同组织类型中的成像质量。此外,该方法有望用于疾病模型中细胞信号网络的动态解析,为病理学、药物作用机制研究提供更精细的空间组学工具。

 

赛业生物提供高通量细胞功能分析平台,支持线粒体功能、细胞周期与凋亡等亚细胞水平研究,可配合HR-IMC解析化疗诱导的细胞应答机制。

 

结语
本研究成功开发了HR-IMC技术,显著提升IMC的空间分辨率至亚微米级别,首次实现对核仁、线粒体网络等亚细胞结构的清晰成像。该方法在不改变仪器硬件的前提下,通过过采样与反卷积计算,优化信号采集与图像重建,确保了良好的信噪比和空间定位能力。HR-IMC在扁桃体、HGSOC等组织中均展现出优越的细胞分割与多重蛋白标记解析能力,尤其在化疗后细胞结构变化的检测中,揭示了DNA损伤、增殖下降和线粒体互连性改变等关键事件。这一技术为多组学病理分析、亚细胞信号转导研究和疾病机制探索提供了新的工具,未来有望在临床前研究、药物响应监测及高精度组织图谱构建中发挥重要作用。

 

文献来源:
Alina Bollhagen, James Whipman, Ricardo Coelho, Francis Jacob, and Bernd Bodenmiller. High-resolution imaging mass cytometry to map subcellular structures. Nature Methods.
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