Journal for Immunotherapy of Cancer | 增强突变组分析助力PDAC个性化免疫治疗
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该研究通过结合原发肿瘤与PDX模型的高通量测序分析，显著提高了新表位的检测灵敏度与可信度。多个新表位特异性T细胞受体（TCR）被成功克隆并验证，为个性化T细胞治疗提供理论基础。
胰腺导管腺癌（PDAC）长期以来被认为是‘冷肿瘤’，对T细胞免疫治疗不敏感，部分原因在于其突变负荷低，导致新抗原数量有限，同时肿瘤微环境高度免疫抑制。传统突变检测方法受限于肿瘤细胞比例低，导致突变识别不准确，限制了新抗原疫苗及T细胞受体（TCR）工程细胞治疗的可行性。为了克服这一问题，研究人员开发了一种结合原发肿瘤与患者来源异种移植物（PDX）的突变组分析流程，提高突变识别的灵敏度，并通过HLA-A*02:01转基因小鼠模型验证新抗原免疫原性。该方法不仅提高了突变检测的准确性，还成功分离出多个HLA限制性TCR，为个性化免疫治疗提供了关键支持。
本研究旨在通过增强突变组分析和新抗原筛选，提高PDAC个性化免疫治疗的可行性。研究团队收集了15例原发性可切除PDAC患者的肿瘤样本，并建立对应的PDX模型。由于PDAC样本中肿瘤细胞比例低，传统下一代测序（NGS）方法受限，因此研究人员构建了一个混合参考基因组（GRCh37/hg19与GRCm38/mm10，适应NOD/ShiLtJ小鼠SNP），以区分人源与小鼠源序列，从而提高突变检测的特异性。通过对原发肿瘤和PDX样本的DNA和RNA测序数据进行比对，研究人员发现PDX模型中突变等位基因频率（MAF）显著高于原发样本，提升了突变检测的可信度。进一步，研究人员利用NetMHC4.0算法预测HLA-A*02:01结合的新抗原，并通过体外结合实验验证其稳定性。最终，研究团队在18个候选新抗原中成功克隆出5个具有抗原特异性反应的TCR，并验证其在T细胞上的表达。这些TCR在体外实验中对表达突变抗原的肿瘤细胞具有高度特异性，且在IFN-γ预处理条件下反应增强，表明其抗肿瘤活性与HLA表达水平相关。研究还发现，部分新抗原在原发样本中因MAF过低而无法被传统方法识别，但在PDX模型中得以高效检测，突显了该方法在低突变负荷肿瘤中的优势。
该研究验证了结合原发与PDX模型进行突变组分析的有效性，显著提高了PDAC中新抗原的检测灵敏度。通过HLA-A*02:01转基因小鼠免疫，成功分离出多个具有抗原特异性的TCR，并在体外与体内实验中证实其抗肿瘤反应。研究强调，仅依赖原发肿瘤样本的突变检测可能遗漏关键新抗原，而PDX模型能有效弥补这一缺陷。该方法为个性化免疫治疗提供了新的技术路径，尤其适用于低突变负荷、免疫原性差的肿瘤类型。
