1) 血清型的选择。AAV的血清型主要由AAV衣壳蛋白的结构所决定，不同的衣壳蛋白结构偏向识别结合特定的细胞表面受体，因此血清型的选择会影响AAV对不同器官/组织的感染效率。

2) 启动子的选择。对特异性要求较高的研究，可以选用特定类型的特异性启动子。常用的广谱型启动子有CMV、CAG等等，常用的组织特异性启动子有心脏特异性启动子cTNT、肝脏特异性启动子TBG等等。

3) 病毒量及滴度。根据靶器官/组织类型和AAV血清型类型，推荐注射的AAV量不同。组织/细胞吸收的病毒颗粒数量对于实验效果影响显著。但AAV使用量并非越多越好，采用合适的病毒量能够使病毒基因发挥最佳的效果，而且根据以往经验，病毒用量过多可能会出现效果下降的情况。

4) 感染方式。一般情况下可以通过两种方式感染目的脏器或组织：

• 系统给药，如尾静脉注射等，通过血液循环递送到全身各处，此方法对肝脏的感染效果较好，对其他组织组织或脏器的感染效果欠佳；
• 局部给药，例如脑立体定位注射、心肌原位注射、以及玻璃体腔注射等，此方法可以相对集中地感染注射器官/组织，免疫原性低。
• 二者区别：系统性给药的特点是操作较为简单，能够大范围感染组织/器官，但病毒用量大，感染特异性低。局部给药的特点是器官/组织特异性高，病毒用量少，但对操作技术要求高，滴度要求较高。

5) 检测时间。AAV需要从单链DNA形式变成双链DNA形式才能进行下一步的基因表达。因此在常规动物实验中，通常在感染1周后开始缓慢表达病毒功效，感染后4周左右开始进入基因表达高峰期。如果感染的组织/器官已处于终末分化阶段，基因的表达可持续表达半年以上的时间。