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如何提取组织DNA模板?
【方法一】
使用 TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction kit (Ver.5.0_Code No. 9765) 来提取鼠基因组DNA(适用于扩增≥1kb的条带)。
准备工作:
- 备好无水乙醇。
- Buffer WB使用前需要加入65mL的无水乙醇(试剂盒推荐56 mL,我们经过长期数据显示,加入65 mL提取的基因组纯度更高)。
- Buffer GL若出现沉淀,请于56℃加热溶解,待恢复至室温后使用。
洗脱膜上的DNA时,用0.25× TE Buffer洗脱的DNA保存时间更持久;使用前放置56℃预热,DNA洗脱效率更高。
实验流程:
- 每个装有样品的EP管中加180μL Buffer GL, 20 μL蛋白酶K(浓度20 mg/mL),10 μL RNA酶(浓度10 mg/mL)。(注意:鼠尾不能太长,一般2~3 mm;如果鼠尾过粗,可以增大裂解体系至300 μL)。
- 放置56℃烘箱过夜反应(一般12~16个小时)。
- 第二天早上从烘箱取出样品放置离心机里,12000rpm离心2分钟,将毛发杂质离到管底。
- 吸取上清至另一干净的EP管中(注意尽量不要吸到管底的毛发和杂质),再加入200μL Buffer GB和200 μL的无水乙醇,盖好盖子后充分吸打混匀。
- 混匀后将液体转移至准备好的吸附柱中,12000rpm离心2分钟;弃滤液。
- 向吸附柱中加入500μL Buffer WA,12000 rpm离心1分钟;弃滤液。
- 沿吸附柱的管壁四周加入700μL Buffer WB,静置1分钟,12000 rpm离心1分钟,弃滤液。(注意:一定要保证WB中已经加过了指定体积的无水乙醇;沿着吸附柱管壁四周加入WB,有助于完全冲洗沾附管壁上的盐分。)
- 重复操作步骤7,弃滤液。
- 空甩:12000rpm离心2分钟。
- 将吸附柱放置在一个新的5mL的离心管上,盖子开着,室温放置10分钟,以去除残留的乙醇(注意:乙醇残留会抑制聚合酶扩增)。
- 向吸附柱膜的中央加入50μL预热过的0.25× TE Buffer,盖好盖子后室温静置10分钟(注意:预热的TE Buffer可以提高洗脱效率)。
- 12000rpm离心2分钟洗脱DNA;可以将离下的液体再次加入膜中央,静置5分钟,再12000 rpm离心2分钟,获得浓度更高的DNA。
- 提取得到的DNA可以通过电泳或紫外分光光度计进行定量。
方法二:
使用Triton X-100粗裂的方法获得鼠基因组DNA(适用于扩增<1 kb的条带)。
Triton裂解液的配制(1 L量):
- 分别用电子天平称取下列物品至烧杯:
KCl:3.7 g
Tris:1.2 g
- 加入300~400mL灭菌水溶解。
- 加入1mL TritonX-100,充分溶解,若不能充分溶解可以放入56℃烘箱中溶解。(TritonX-100呈油状液体,注意吸取前先润洗移液器,打尽TritonX-100后才能把枪头伸到溶液中反复吹吸,否则很容易使得TritonX-100大量残留在枪头内壁上)。
- 加入80μL浓盐酸调pH至9.0。
- 然后用灭菌水定容至1L后,室温保存,待用。
注意:TritonX-100高压灭菌后会产生大量沉淀,请勿高压灭菌。
实验流程:
- 样品离心于管底。
- 96孔板样品,将样品板放入迷你微孔板离心机中2500rpm离心90 s。
- EP管样品,将样品放入离心机中12000rpm离心90 s。
- 配制裂解液。按照98 :2(Triton X-100裂解液:20 mg/mL蛋白酶K)的比例进行配制。
- 加裂解液。将配制好的裂解液混匀10次,倒入新开封的分液槽中:
- 胚胎样品,每孔加入100 µL。
- 鼠爪、鼠尾样品,每孔加入110 µL(注意鼠尾样品根据组织大小可适量增加裂解液)。
- 过夜裂解。将加完裂解液的样品管盖紧放入56℃烘箱过夜运行(>8 h);
- 样品的灭活。第二天从烘箱中取出样品,使用金属浴或者PCR仪,98℃反应30分钟(注盖紧,防止样品蒸干),使蛋白酶K失活。
- 样品的离心。待灭活时间结束后,将样品离心90 s,上清即可作为PCR模板。
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