The ISME Journal
Basidiobolus作为跨结构域桥梁间接增强肠道微生物组稳态
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该研究通过绝对丰度分析揭示了Basidiobolus在两栖和爬行动物肠道微生物组中的关键生态位，其作为跨结构域连接者，显著影响微生物网络的稳定性与功能。研究开发并验证了DspikeIn平台，为微生物组研究提供可扩展、高精度的绝对丰度分析工具。
文献概述
本文《Absolute abundance unveils Basidiobolus as a cross-domain bridge indirectly bolstering gut microbiome homeostasis》，发表于The ISME Journal杂志，回顾并总结了宿主微生物组研究中因依赖相对丰度（RA）分析而产生的偏倚问题，并通过绝对丰度（AA）分析揭示了Basidiobolus在跨结构域微生物互作中的关键角色。研究展示了AA在解析微生物动态及宿主-微生物关联中的优势，为后续微生物组研究提供了新方法。
背景知识
宿主微生物组在代谢、免疫调节和抗病原体方面发挥核心作用，但传统RA分析因数据组成性偏倚，常导致虚假负相关和错误发现率升高，影响生态解释的准确性。近年来，绝对丰度分析成为克服该问题的重要方向，但其在非模式生物中的应用仍有限。本研究聚焦于两栖与爬行动物，这些动物的微生物组研究对于理解其生理适应性、疾病易感性及保育策略具有重要意义。Basidiobolus作为广泛存在于爬行类与两栖类肠道中的真菌，具备基因水平转移能力，可能在微生物网络中发挥桥梁作用。研究团队开发了DspikeIn，一个整合湿实验与R分析流程的框架，以提高AA数据质量并减少分析偏倚，从而更准确地解析宿主微生物组互作。
研究方法与实验
研究团队通过引入Tetragenococcus halophilus（细菌标准）和Dekkera bruxellensis（真菌标准）作为spike-in，利用qPCR与MiSeq测序评估spike-in回收率，并在QIIME2中进行数据处理与分析。通过优化测序与生物信息学流程，比较OTU与ASV方法在spike-in恢复中的表现，最终选择OTU方法进行后续分析。研究进一步构建了基于RA与AA的微生物互作网络，分析Basidiobolus的网络拓扑特性及其在去除该子网络后对整体网络结构的影响。
关键结论与观点
研究意义与展望
该研究强调AA分析在解析宿主-微生物组互作中的重要性，为非模式动物的微生物研究提供了可靠方法。未来可将DspikeIn应用于更广泛的生态系统，如肠道菌群与环境互作研究。此外，Basidiobolus的跨结构域作用机制仍需实验验证，以明确其在微生物稳态与宿主生理中的具体功能。
结语
本研究通过引入绝对丰度分析方法，揭示了传统相对丰度研究中被掩盖的微生物生态特征。Basidiobolus作为关键的真菌属，在肠道微生物网络中发挥跨结构域桥梁作用，其缺失导致网络结构显著改变，提示其在维持微生物稳态中的重要性。DspikeIn平台为微生物组研究提供了系统性解决方案，支持跨研究可比性与生态解析力的提升。该成果为宿主-微生物互作研究开辟新方向，尤其在非模式动物与保育生态学中具有广泛应用前景。
