The ISME Journal
微生物真核生物研究文献高度集中于少数人类寄生虫
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本文揭示了微生物真核生物研究中对少数物种（尤其是人类寄生虫）的高度集中趋势，强调了对非模式真核生物研究的必要性。研究通过系统分析PubMed与Protist Ribosomal Reference（PR2）数据库，指出真核生物多样性研究的严重不足，并提出未来研究应关注未被充分探索的谱系。
文献概述
本文《Half of microbial eukaryote literature focuses on only 12 human parasites》，发表于The ISME Journal杂志，回顾并总结了微生物真核生物研究的文献分布情况。文章指出，尽管微生物真核生物（如原生生物）在全球生态系统中广泛存在且具有高度多样性，但相关研究主要集中在少数几种人类寄生虫上，如恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）和弓形虫（Toxoplasma gondii）。研究还发现，尽管PR2数据库中大多数原生生物为自由生活的水生种类，但文献中近47%的研究聚焦于寄生虫，而超过43%的PR2物种在PubMed中完全没有被提及。
背景知识
微生物真核生物包括原生生物、藻类和其他单细胞真核生物，广泛分布于水体、土壤、肠道微生物群落等生态系统中。尽管其在生态系统功能和进化中具有重要意义，但研究资源高度偏向于少数人类致病性寄生虫。当前研究依赖于传统模式生物如Chlamydomonas reinhardtii和Dictyostelium discoideum，但这些模型在基因工具和生物学研究深度上远逊于细菌模型生物如Escherichia coli或酵母Saccharomyces cerevisiae。此外，许多重要谱系如Stramenopiles、Rhizaria和Dinoflagellates在文献中几乎未被研究，尽管它们在自然环境中广泛存在。本文强调，这种研究偏向限制了对真核生物基本细胞机制的理解，且影响对非寄生性谱系的生物学发现潜力。
研究方法与实验
研究团队基于PubMed数据库进行文献计量分析，统计各原生生物物种在标题或摘要中被提及的频率，并结合Protist Ribosomal Reference（PR2）数据库中的物种列表进行交叉比对。研究共识别8456个命名原生生物物种，这些物种在PubMed中共被提及242844次。此外，研究还分析了文献中常见物种与PR2数据库中测序物种的来源差异，发现文献主要聚焦于人类血液样本中的寄生虫，而数据库中则以水生环境自由生活的原生生物为主。
关键结论与观点
研究意义与展望
该研究揭示了当前微生物真核生物研究的系统性偏差，强调需将更多研究资源投入到非模式、非寄生性真核生物谱系。这些谱系可能提供关于真核生物细胞机制、基因调控网络和生态功能的新发现。未来可结合RNA干扰、高通量蛋白组学、冷冻电镜等前沿技术，提升对未开发谱系的可研究性，推动真核生物多样性研究的均衡发展。
结语
微生物真核生物构成了真核生物多样性的主体，但在研究中却被严重忽视，仅少数寄生虫占据文献的主导。这种研究偏向限制了我们对真核生物进化、基因组结构和细胞机制的理解。未来研究应更加关注自由生活的原生生物谱系，尤其是那些在自然环境中广泛存在但文献中极少提及的谱系。通过前沿技术开发和系统性采样，可提升这些谱系的可研究性，从而揭示新的生物学规则，推动真核生物研究的广度和深度。
