设计：要准确获取致病基因的功能信息，来有针对性的序列设计，靶向能力不足导致靶部位的小核酸药物浓度低，迫使给药剂量增高。

修饰：修饰虽然能提高核酸药物的稳定性，目前常用的如果不做调整的话，需要专利许可。

递送：目前最大的难点在于递送，裸露的RNA由于表面有多负电荷导致无法自由穿过细胞膜，入胞困难，目前基本都是递送至肝脏，需要研究肝以外递送，还要解决核酸药物内体逃逸的问题。

合成：小核酸药物的生产过程中，用到的各种原材料和设备都需要具备大规模的生产能力才能实现产品的商业化。在扩大生产的过程中需考虑产品的生产质量、生产速度和成本等多方面，限制强。