慢病毒由于可以插入细胞基因组，可以实现目的基因的持续稳定的长时间表达；而腺病毒不整合到基因组，表达时间相对于慢病毒较短，一般两三周。腺病毒的感染效率很高，显著高于慢病毒，大部分细胞的感染效率均能达到95%以上，所以对于“顽固”细胞，可以考虑用腺病毒。

       慢病毒的包装周期相对较短，一般一个半月左右，但包装的病毒滴度也相对较低（一般10⁸TU/ml）；腺病毒包装则较为繁琐，通常需要2个月或以上，一般可达到10¹⁰PFU/ml以上，纯化后可达10¹¹PFU/ml，且纯化后的腺病毒可直接用于体内注射，但免疫原性较高。我们需根据两者特性综合选择。