视网膜下注射是目前最常用、最有效的注射方法，由于是注射到视网膜下，因此可以有效感染视网膜色素上皮细胞和光感受器细胞，同时不会触发体液免疫反应。但是视网膜下腔注射在应用上也有一些缺点，如易出现出血损伤以及潜在的视网膜脱离的风险；对操作者的经验要求高和注射设备具有较高要求。
       玻璃体腔注射是另一种常用的注射方法，可有效感染神经节细胞。 注射后不会引起视网膜下液泡和视网膜脱离，药物可以扩散到整个视网膜，增加疗效。但玻璃体腔注射会产生针对AAV衣壳蛋白的体液免疫反应，引起眼内炎症。