Safb-KO 基因敲除小鼠

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产品名称

Safb-KO 基因敲除小鼠

产品编号

S-KO-19237

品系全称

C57BL/6JCya-Safbem1/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

KOCMP-224903-Safb-B6J-VA

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Safb-KO 基因敲除小鼠 mice (Strain S-KO-19237) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量

基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
scaffold attachment factor B
基因别称
3110021E02Rik,5330423C17Rik,E130307D12,HAP,HET,SAF-B1,SAFB1
染色体号
Chr 17 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_001374619 | Ensembl: ENSMUST00000182533
修饰方式
全身性基因敲除
靶向范围
Exon 2
敲除长度
~0.8 kb
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
MGI:2146974Homozygous null mice display partial embryonic and neonatal lethality, neonatal cyanosis, impaired embryonic hematopoiesis, male sterility, azoospermia, reduced female fertility, impaired transport of embryos through the oviduct, reduced embryonic growth, testicular degeneration and ovarian atrophy.
基因SAFB(Scaffold Attachment Factor B)是一种在进化上高度保守的RNA结合蛋白,它在哺乳动物的早期发育过程中扮演着关键的角色。SAFB蛋白最初被发现是因为它们能够结合到DNA的支架附着区域,但随后的研究表明,它们的RNA结合和蛋白质-蛋白质相互作用功能同样重要。SAFB蛋白在多种生物学过程中发挥着重要作用,包括基因表达调控、DNA修复、mRNA和调节RNA的加工,以及与染色质修饰复合物的相互作用。

SAFB蛋白在多种细胞类型中都有表达,包括胚胎干细胞(ESCs)、神经干细胞(NSCs)和白血病细胞。在ESCs中,SAFB蛋白通过结合到新生的RNA分子上,促进基因的表达。研究表明,SAFB蛋白主要与编码基因的内含子区域结合,并通过富含嘌呤的基序识别这些RNA。SAFB蛋白的结合可以促进基因的表达,例如长链非编码RNA Malat1的表达,这对细胞分化和发育至关重要[1]。此外,SAFB蛋白的缺失会导致与细胞凋亡、细胞分裂和细胞迁移相关的基因表达发生改变,并导致一些基因的剪接模式发生变化[1]。

在DNA修复过程中,SAFB蛋白也发挥着重要作用。研究表明,SAFB蛋白可以与DNA损伤修复复合物相互作用,促进DNA损伤的修复[2]。此外,SAFB蛋白还可以通过结合到RNA上,影响RNA的稳定性和加工,从而影响基因的表达[1,2]。

SAFB蛋白还可以与染色质修饰复合物相互作用,影响基因的表达。例如,SAFB蛋白可以与NuRD复合物和HP1γ相互作用,抑制与分化和凋亡相关的基因的表达,从而维持急性髓细胞白血病(AML)细胞的增殖和存活[5]。此外,SAFB蛋白还可以与主要卫星RNA相互作用,通过相分离机制稳定异染色质结构,从而维持染色质的3D组织[6]。

SAFB蛋白的表达异常与多种疾病的发生发展相关。例如,在结直肠癌中,SAFB蛋白的表达下调,导致NF-κB信号通路的激活,从而促进肿瘤的侵袭和转移[4]。此外,SAFB蛋白的表达异常还与神经母细胞瘤、胰腺癌等疾病的发生发展相关[3,7]。

总之,SAFB蛋白是一种重要的RNA结合蛋白,它在基因表达调控、DNA修复和染色质修饰等生物学过程中发挥着重要作用。SAFB蛋白的表达异常与多种疾病的发生发展相关,因此,研究SAFB蛋白的功能和机制对于理解疾病的发生机制和开发新的治疗策略具有重要意义。

参考文献:
1. Cherney, Rachel E, Eberhard, Quinn E, Giri, Gilbert, Dominguez, Daniel, Calabrese, J Mauro. 2023. SAFB associates with nascent RNAs and can promote gene expression in mouse embryonic stem cells. In RNA (New York, N.Y.), 29, 1535-1556. doi:10.1261/rna.079569.122. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37468167/
2. Norman, Michael, Rivers, Caroline, Lee, Youn-Bok, Idris, Jalilah, Uney, James. . The increasing diversity of functions attributed to the SAFB family of RNA-/DNA-binding proteins. In The Biochemical journal, 473, 4271-4288. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27888239/
3. Leidal, Andrew M, Huang, Hector H, Marsh, Timothy, Wiita, Arun P, Debnath, Jayanta. 2020. The LC3-conjugation machinery specifies the loading of RNA-binding proteins into extracellular vesicles. In Nature cell biology, 22, 187-199. doi:10.1038/s41556-019-0450-y. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31932738/
4. Jiao, Hong-Li, Ye, Ya-Ping, Yang, Run-Wei, Liao, Wen-Ting, Ding, Yan-Qing. 2017. Downregulation of SAFB Sustains the NF-κB Pathway by Targeting TAK1 during the Progression of Colorectal Cancer. In Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, 23, 7108-7118. doi:10.1158/1078-0432.CCR-17-0747. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28912140/
5. Agrawal-Singh, Shuchi, Bagri, Jaana, Giotopoulos, George, Whetton, Anthony D, Huntly, Brian J P. . HOXA9 forms a repressive complex with nuclear matrix-associated protein SAFB to maintain acute myeloid leukemia. In Blood, 141, 1737-1754. doi:10.1182/blood.2022016528. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36577137/
6. Huo, Xiangru, Ji, Luzhang, Zhang, Yuwen, Liu, Yun, Wen, Bo. 2019. The Nuclear Matrix Protein SAFB Cooperates with Major Satellite RNAs to Stabilize Heterochromatin Architecture Partially through Phase Separation. In Molecular cell, 77, 368-383.e7. doi:10.1016/j.molcel.2019.10.001. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31677973/
7. Yuan, Qihang, Ren, Jie, Wang, Zhizhou, Deng, Dawei, Shang, Dong. 2021. Identification of the Real Hub Gene and Construction of a Novel Prognostic Signature for Pancreatic Adenocarcinoma Based on the Weighted Gene Co-expression Network Analysis and Least Absolute Shrinkage and Selection Operator Algorithms. In Frontiers in genetics, 12, 692953. doi:10.3389/fgene.2021.692953. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34490033/