Phldb1-KO 基因敲除小鼠

PHLDB1，也称为pleckstrin homology-like domain family B member-1，是一种编码pleckstrin同源结构域家族B成员-1蛋白的基因。该蛋白具有pleckstrin同源结构域，该结构域能够结合磷脂酰肌醇，如PI(3,4)P2、PI(3,5)P2和PI(3,4,5)P3，以及Forkhead相关结构域和螺旋桨结构域。PHLDB1蛋白在脂肪细胞分化过程中表达增加，在多种小鼠组织中丰富。PHLDB1蛋白在未刺激的培养脂肪细胞中呈细胞质分布，但在胰岛素刺激下会转移到质膜。PHLDB1的RNA干扰（RNAi）抑制了胰岛素刺激的Akt磷酸化，但不影响IRS-1的酪氨酸磷酸化。RNAi介导的PHLDB1在培养脂肪细胞中的沉默也减弱了胰岛素刺激的脱氧葡萄糖转运和Myc-GLUT4-EGFP向质膜的转位，而PHLDB1亚型PHLDB2的敲低未能减弱胰岛素刺激的脱氧葡萄糖转运。此外，腺病毒介导的PHLDB1在脂肪细胞中的表达增强了胰岛素刺激的Akt和p70 S6激酶的磷酸化，以及GLUT4的转位。这些结果表明，PHLDB1是一种新的胰岛素调节的Akt蛋白激酶激活的调节因子[5]。

PHLDB1基因的变异与多种疾病相关。例如，PHLDB1的双等位基因移码变异导致了一种新型、轻度型的常染色体隐性骨发育不全（OI），该病以反复骨折和/或骨质疏松、扁平椎、短而弓形的长骨和增宽的干骺端为特征。干骺端和椎骨变化在幼儿期后消退，在双磷酸盐治疗下没有发生骨折。受影响的儿童中，我们分别鉴定了PHLDB1中的双等位基因NM_001144758.3:c.2392dup和NM_001144758.3:c.2690_2693del致病性变异。PHLDB1编码pleckstrin同源结构域家族B成员-1（PHLDB1）蛋白，在胰岛素依赖性Akt磷酸化中发挥作用。与对照组相比，在血液和皮肤成纤维细胞样本中检测到PHLDB1的表达水平降低。培养成纤维细胞的Western blot分析进一步证实了PHLDB1的丢失。在两个独立的家族中，PHLDB1候选基因的两个双等位基因移码变异被鉴定为一种新型、轻度型、常染色体隐性OI。在血液和成纤维细胞样本中检测到的PHLDB1 mRNA表达水平降低支持了PHLDB1致病性变异是导致观察到的表型的假设[1]。

PHLDB1的SNP与垂体腺瘤的风险相关。本研究评估了PHLDB1 SNPs与垂体腺瘤风险之间的关联。在包括148例非功能性垂体腺瘤（NFPA）患者和375例正常对照的韩国人群中，我们使用Agena MassARRAY平台对27个PHLDB1标记和内含子SNPs进行基因分型。使用logistic回归进行PHLDB1 SNPs与NFPA风险之间的关联的统计分析。我们检测到PHLDB1 SNP与韩国人群NFPA风险之间的关联。内含子2中的rs67307131与NFPA显著相关（优势比[OR]=2.15，95%置信区间[CI]1.44-3.20；P=0.0002，在优势模型中）。在参照分析中，具有"C/T"基因型的患者观察到了更高的OR和更强的关联（较低的P值）（OR=2.39，95%CI1.60-3.58；P=0.00002）。使用SNP注释工具进行的功能分析预测，该SNP是一个CpG位点和拷贝数变异；这些特性与疾病易感性相关。我们的研究结果提示，PHLDB1的遗传变异可能与NFPA的风险相关。这是第一份关于PHLDB1变异与NFPA之间关联的报告。需要进一步研究以证实该SNP对NFPA易感性的影响[2]。

在Sjögren's病（SjD）和系统性红斑狼疮（SLE）中，DDX6-CXCR5基因座上的变异与自身免疫性疾病风险相关。精细定位和生物信息学分析确定了五个在免疫细胞类型中具有功能证据的常见SNPs：rs4938573、rs57494551、rs4938572、rs4936443和rs7117261。在免疫、唾液腺上皮和肾上皮细胞中，对核蛋白结合亲和力、增强子/启动子调节活性和染色质-染色质相互作用的函数研究揭示了所有五个SNPs的细胞类型特异性等位基因效应，这些效应扩展了除DDX6和CXCR5表达之外的影响。映射局部染色质调节网络揭示了几个其他感兴趣的基因，包括lnc-PHLDB1-1。总的来说，功能表征表明，这些SNPs的风险等位基因作为调节子，调节细胞类型特异性表达DDX6、CXCR5和lnc-PHLDB1-1等基因的启动子和/或增强子活性。此外，这些发现强调了在疾病相关的细胞类型和组织中探索SNPs功能意义的重要性，考虑复杂的染色质结构[3]。

PHLDB1基因的变异与乳腺癌风险相关。我们进行了一项包括379例女性乳腺癌患者和407例女性健康对照的病例对照研究。使用Agena MassARRAY平台对三个SNPs进行基因分型。使用χ2检验比较了病例组和对照组中多态性的等位基因和基因型频率。使用logistic回归计算ORs和95%CI来评估SNPs与乳腺癌风险之间的关联。RegulomeDB和HaploReg数据库用于计算多态性的可能功能效应。总体分析结果表明，rs4809957与乳腺癌风险增加相关（等位基因A：OR=1.27，95%CI：1.03-1.55，p=0.024；AA vs. GG：OR=1.80，95%CI：1.15-2.82，p=0.010；隐性模型：OR=1.70，95%CI：1.12-2.58，p=0.012）；而rs1059122被发现与隐性模型中的乳腺癌风险降低相关（OR=0.71，95%CI：0.51-0.98，p=0.039）。分层分析发现三个SNPs（rs1059122、rs17748和rs4809957）与乳腺癌风险之间存在显著的关联。我们的研究结果表明，rs1059122（FAM13A）、rs17748（PHLDB1）和rs4809957（CYP24A1）可能对中国汉族人群的乳腺癌易感性有贡献。需要更大的样本量的研究来证实我们的发现，以及功能研究来探索它们在乳腺癌发展中的作用[4]。

PHLDB1基因的变异与胶质瘤风险相关。我们进行了一项深入的函数分析，涉及PHLDB1基因附近11q23.3上的风险位点。我们检索了与胶质瘤相关SNP（rs498872）连锁不平衡（r(2)≥0.2）的所有SNPs，并对该区域进行了全面的生物信息学和实验函数分析。在基于荧光素酶的增强子扫描分析中测试候选SNPs的等位基因特异性活性后，我们确定了一组10个PHLDB1和DDX6启动子和一个假定增强子元件中的功能SNPs。染色质构象捕获（3C）确定了包含功能SNP（rs73001406）的增强子元件与DDX6基因启动子之间的物理相互作用。在细胞培养中的敲低实验和3D实验评估PHLDB1和DDX6的作用表明，这两个基因都可能对表型有贡献。这些研究揭示了11q23.3胶质瘤易感位点上的功能景观，并确定了一组功能SNPs，它们在调节元件中具有物理相互作用，并可能驱动胶质瘤风险关联的两个目标基因[6]。

PHLDB1基因的变异与系统性红斑狼疮（SLE）的易感性相关。我们之前在一个SLE家族中进行了全外显子测序，并筛选出5个SLE候选SNPs。在本研究中，我们在634例SLE患者和400例健康对照中验证了这些SNPs，并分析了SNPs与实验室指标之间的关系。在5个候选SNPs中，PHLDB1 rs7389T/G（优势模型，OR=0.627，95%CI=0.480-0.820，P=0.001）和WDFY4 rs7097397G/A（优势模型，OR=0.653，95%CI=0.438-0.973，P=0.035）与SLE易感性相关。此外，rs7389的G等位基因与TNF-α水平的升高相关（q=0.013）。rs7097397的A等位基因与IL-1β（q=0.033）和IL-6（q=0.039）水平的降低以及抗核抗体阳性率的升高相关（q=0.021）。我们的研究表明，rs7389T/G和rs7097397G/A多态性都与西部中国SLE的易感性相关。rs7389T/G与TNF-α含量的增加相关，而rs7097397G/A与IL-1β和IL-6浓度的降低以及抗核抗体阳性率的升高相关[7]。

PHLDB1基因的变异与IgA肾病（IgAN）风险相关。本研究旨在探索TNS3、PHLDB1、NTN4和GNG2 3'非翻译区（3'UTR）多态性在汉族人群中IgAN风险中的作用。使用逻辑回归模型计算候选单核苷酸多态性（SNP）对IgAN风险的影响，并调整年龄和性别差异。进行了生物信息学预测，以确定SNPs的潜在功能。分析揭示了NTN4 rs1362970 A/A的纯合子基因型与IgAN风险增加之间存在显著相关性（p=0.003）。当样本按性别和Lee等级分层时，观察到统计学上显著的关联。因此，NTN4 rs1362970 A/A和GNG2 rs3204008 G/G基因型与男性IgAN风险增加相关（p=0.006，p=0.023，分别），而在女性中发现了PHLDB1 rs7389 G/T基因型与IgAN风险增加之间的关联（p=0.008）。在Lee等级III-V亚组中，NTN4中的rs1369270与IgAN风险显著相关（p=0.004）。生物信息学预测表明，NTN4 3'UTR中的rs1362970位于miR-483-5p的潜在靶序列中。我们的研究证实，NTN4、GNG2和PHLDB1基因多态性在中国汉族人群中与IgAN易感性相关。应进行进一步的研究来调查和验证上述多态性影响IgAN的机制[8]。

PHLDB1基因的变异与胶质母细胞瘤（GBM）风险相关。本研究旨在阐明基因多态性对GBM易感性的影响。在这项病例对照研究中，我们纳入了72例GBM患者和320例健康对照，以分析29个单核苷酸多态性与中国汉族人群GBM癌症风险之间的关联。使用Sequenom MassARRAY RS1000确定单核苷酸多态性，并使用SPSS软件和SNPStats软件进行统计分析。使用χ2检验，我们发现RTEL1中的rs2297440和rs6010620增加了GBM的风险。在隐性模型中，我们还发现RTEL1中rs2297440的"CC"基因型和rs6010620的"GG"基因型显著增加了GBM的风险。TREH rs17748的变异TT基因型和PHLDB1 rs498872的变异TT基因型在隐性模型中降低了GBM的风险。我们还发现，TREH rs17748的变异C等位基因在优势模型中增加了男性的风险。我们的研究结果提示，RTEL1、TREH和PHLDB1基因与汉族人群中GBM的发展显著相关[9]。

综上所述，PHLDB1是一种编码pleckstrin同源结构域家族B成员-1蛋白的基因，该蛋白在胰岛素依赖性Akt磷酸化和GLUT4转位中发挥作用。PHLDB1基因的变异与多种疾病相关，包括骨发育不全、垂体腺瘤、自身免疫性疾病、乳腺癌、胶质瘤和系统性红斑狼疮。这些变异可能影响PHLDB1蛋白的表达和功能，进而影响疾病的发生和发展。进一步研究需要探索PHLDB1基因变异在疾病中的具体机制，以及这些变异对疾病治疗和预防的潜在应用价值。