Smndc1-KO 基因敲除小鼠

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复苏/繁育服务
产品名称

Smndc1-KO 基因敲除小鼠

产品编号

S-KO-14874

品系全称

C57BL/6JCya-Smndc1em1/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

KOCMP-76479-Smndc1-B6J-VA

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Smndc1-KO 基因敲除小鼠 mice (Strain S-KO-14874) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量

基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
survival motor neuron domain containing 1
基因别称
-
染色体号
Chr 19 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_172429 | Ensembl: ENSMUST00000025997
修饰方式
全身性基因敲除
靶向范围
Exon 2~6
敲除长度
~9.0 kb
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
SMNDC1(Survival Motor Neuron Domain Containing 1)是一种含有Tudor结构域的蛋白质,能够识别二甲基精氨酸,并在基因表达中作为必需的剪接因子发挥作用。SMNDC1在细胞中的定位与功能研究显示,其与相分离膜蛋白有关,能够控制基因表达,并调节核凝聚体[1]。在细胞内,SMNDC1定位于相分离的无膜细胞器,部分与核斑重叠。这种凝聚行为由SMNDC1的非结构化C端区域驱动,依赖于RNA相互作用,并在体外得以复制。通过抑制SMNDC1的Tudor结构域,可以显著改变蛋白质-蛋白质相互作用和亚细胞定位,进而导致SMNDC1依赖基因的剪接变化[1]。

SMNDC1与染色体重塑和剪接的连接在调节胰腺激素表达方面发挥了重要作用。通过在小鼠α细胞系中进行的RNA干扰筛选,发现敲低SMNDC1可以触发α细胞基因表达程序的全局抑制,并增加β细胞标记物。机制上,SMNDC1的敲低上调了β细胞转录因子Pdx1,并通过调节BAF和Atrx染色质重塑复合物的活性来发挥其抑制作用。SMNDC1的抑制作用在人类胰岛细胞中得到了证实,其缺失触发了胰岛素分泌和PDX1表达的增强[2]。

SMNDC1的功能还与RNA异构体筛选有关。研究发现,SMNDC1中存在一个自调控毒害外显子,它在哺乳动物和植物中是保守的,并在两个界中发挥分子自调控功能。在缺失该毒害外显子的小鼠和拟南芥模型中,SMNDC1蛋白水平的失调、mRNA处理的广泛改变和生物体大小限制得到了证实。这些模型表明,毒害外显子对于分子和生物体表型的重要性,这可能是它们高度保守的原因[3]。

此外,SMNDC1在肝癌中也表现出重要作用。在系统生物学的基础上,通过构建一个与患者生存相关的可变剪接事件集合,并使用癌症基因组图谱(TCGA)数据集和基因表达综合数据库(GEO)数据集,发现SMNDC1在肿瘤细胞中过度表达。通过敲低其表达,可以抑制肝癌细胞的增殖和迁移[4]。

SMNDC1还与EGFR-TKI耐药性有关。在LUAD细胞系中,通过EGFR-TKI耐药性分析,发现SMNDC1表达上调与EGFR-TKI耐药性相关。SMNDC1的过表达与LUAD患者的较差预后相关,提示SMNDC1可能作为预测EGFR-TKI耐药性和LUAD预后的生物标志物[5]。

SMNDC1在细胞内还与多种RNA结合蛋白(RBPs)相互作用,这些RBPs具有与FLEXI或重叠FLEXI剪接位点的结合位点。这些RBPs包括剪接因子、转录因子、染色质重塑蛋白、细胞生长调节因子和具有细胞质功能的蛋白质。研究发现,SMNDC1与FLEXI的结合位点在功能相关的宿主基因中富集,这些宿主基因编码的FLEXI与细胞质功能相关的RBPs结合,表明FLEXI在基因表达调控中发挥着重要作用[6]。

综上所述,SMNDC1作为一种重要的剪接因子,在基因表达调控、染色质重塑、肿瘤发生和发展中发挥着重要作用。SMNDC1的研究有助于深入理解剪接因子的功能,为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。

参考文献:
1. Enders, Lennart, Siklos, Marton, Borggräfe, Jan, Sattler, Michael, Kubicek, Stefan. 2023. Pharmacological perturbation of the phase-separating protein SMNDC1. In Nature communications, 14, 4504. doi:10.1038/s41467-023-40124-0. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37587144/
2. Casteels, Tamara, Bajew, Simon, Reiniš, Jiří, Bock, Christoph, Kubicek, Stefan. . SMNDC1 links chromatin remodeling and splicing to regulate pancreatic hormone expression. In Cell reports, 40, 111288. doi:10.1016/j.celrep.2022.111288. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36044849/
3. Belleville, Andrea E, Thomas, James D, Tonnies, Jackson, Queitsch, Christine, Bradley, Robert K. 2024. An autoregulatory poison exon in Smndc1 is conserved across kingdoms and influences organism growth. In PLoS genetics, 20, e1011363. doi:10.1371/journal.pgen.1011363. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39150991/
4. Zhu, Rui, Wang, Xue, Yu, Qi, Guo, Wenna, Zhu, Liucun. 2023. A systems biology-based approach to screen key splicing factors in hepatocellular carcinoma. In Molecular carcinogenesis, 62, 1107-1118. doi:10.1002/mc.23549. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37067402/
5. Zhuge, Jinke, Wang, Xiuqing, Li, Jingtai, Dong, Wen, Gao, Yong. 2022. Construction of the model for predicting prognosis by key genes regulating EGFR-TKI resistance. In Frontiers in genetics, 13, 968376. doi:10.3389/fgene.2022.968376. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36506325/
6. Yao, Jun, Xu, Hengyi, Ferrick-Kiddie, Elizabeth A, Ares, Manuel, Lambowitz, Alan M. 2024. Human cells contain myriad excised linear intron RNAs with links to gene regulation and potential utility as biomarkers. In PLoS genetics, 20, e1011416. doi:10.1371/journal.pgen.1011416. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39325823/