Potefam1是一种在真核生物中发现的基因家族,其成员在多种生物学过程中发挥重要作用,包括细胞分化、发育、代谢和疾病发生。Potefam1基因家族的成员在结构上具有相似性,但它们的功能可能有所不同,这取决于它们在不同组织和细胞类型中的表达模式以及与其他基因和蛋白质的相互作用。
基因复制和基因丢失是动物基因组进化过程中频繁发生的事件,两者之间的动态平衡导致了物种间基因数量的显著差异。在基因复制后,两个副本通常以大致相同的速度积累序列变化。然而,在某些情况下,序列变化的积累是不均匀的,其中一个副本会与其同源基因发生显著分化。这种“非对称进化”似乎在串联基因复制后比在基因组复制后更为常见,并且可以产生全新的基因。例如,在蛾、软体动物和哺乳动物的复制同源框基因中发现了非对称进化的例子,这些新产生的同源框基因被招募到新的发育作用中。基因副本的非对称分化在进化中起着重要作用,但这种现象往往被忽视,部分原因是难以使用标准的系统发育方法解析高度分化的基因的起源[1]。
乳腺癌是一种异质性很强的疾病,大多数病例(约70%)被认为是散发性的。家族性乳腺癌(约30%的患者)常见于乳腺癌发病率高的家庭,与多种高、中、低渗透性的易感基因相关。家系连锁研究已经确定了BRCA1、BRCA2、PTEN和TP53等高渗透性基因,这些基因负责遗传综合征。此外,基于家族和人群的方法表明,参与DNA修复的基因,如CHEK2、ATM、BRIP1(FANCJ)、PALB2(FANCN)和RAD51C(FANCO),与中等的乳腺癌风险相关。乳腺癌的全基因组关联研究(GWAS)揭示了一些与乳腺癌风险略有增加或减少的常见低渗透性等位基因。目前,只有高渗透性基因在临床实践中得到广泛应用。随着下一代测序技术的发展,预计所有家族性乳腺癌基因都将包括在遗传检测中。然而,在将多基因面板测试全面纳入临床工作流程之前,需要对中低风险变异的临床管理进行更多研究[2]。
基因调控网络是细胞功能的核心,基因和蛋白质的相互作用决定了细胞过程。基因调控网络可以被视为复杂的电路,需要数学框架来描述其连接性。从工程的角度来看,构建和分析构成网络的底层子模块是建立这种框架的自然途径。近年来,测序和基因工程的实验进展使得设计合成基因网络成为可能,这些网络易于数学建模和定量分析。这些发展标志着基因电路学科的出现,该学科为预测和评估细胞过程动力学提供了一个框架。合成基因网络还将导致新的细胞控制逻辑形式,这可能对功能基因组学、纳米技术和基因与细胞治疗具有重要意义[3]。
基因敲除是一种常用的方法,用于探究基因功能。基因敲除产生完全的功能丧失基因型,最严重的表型后果是致死性。具有致死性敲除表型的基因称为必需基因。基于酵母的全基因组敲除分析表明,基因组中多达四分之一的基因可能是必需的。与其他基因型-表型关系一样,基因必需性受到背景效应的影响,并且可能因基因-基因相互作用而变化。特别是,对于某些必需基因,由敲除引起的致死性可以通过非基因抑制因子挽救。这种“必需性绕过”(BOE)基因-基因相互作用是一种尚未被充分研究的遗传抑制类型。最近的一项系统分析发现,令人惊讶的是,裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe中近30%的必需基因的必需性可以通过BOE相互作用绕过。本文回顾了揭示和理解必需性绕过的历史和最新进展[4]。
植物CARE数据库是一个关于植物顺式作用调节元件、增强子和抑制子的数据库。调节元件通过位置矩阵、共识序列和在特定启动子序列上的单个位点来表示。当可用时,提供到EMBL、TRANSFAC和MEDLINE数据库的链接。转录位点的数据主要从文献中提取,并补充了越来越多的计算机预测数据。除了对特定转录因子位点的描述外,还提供了实验证据的置信度、功能信息以及在启动子上的位置。新的功能已经实现,以在查询序列中搜索植物顺式作用调节元件。此外,现在还提供了到新的聚类和基序搜索方法的链接,以研究共表达基因簇。新的调节元件可以自动发送,并在经过审查后添加到数据库中。植物CARE关系数据库可以通过万维网访问[5]。
综上所述,Potefam1是一种在真核生物中发现的基因家族,其成员在多种生物学过程中发挥重要作用,包括细胞分化、发育、代谢和疾病发生。Potefam1基因家族的成员在结构上具有相似性,但它们的功能可能有所不同,这取决于它们在不同组织和细胞类型中的表达模式以及与其他基因和蛋白质的相互作用。基因复制和基因丢失是动物基因组进化过程中频繁发生的事件,两者之间的动态平衡导致了物种间基因数量的显著差异。非对称进化在进化中起着重要作用,但这种现象往往被忽视。乳腺癌是一种异质性很强的疾病,与多种高、中、低渗透性的易感基因相关。基因调控网络是细胞功能的核心,基因和蛋白质的相互作用决定了细胞过程。基因敲除是一种常用的方法,用于探究基因功能。必需性绕过(BOE)基因-基因相互作用是一种尚未被充分研究的遗传抑制类型。植物CARE数据库是一个关于植物顺式作用调节元件、增强子和抑制子的数据库。这些发现有助于深入理解Potefam1基因家族的生物学功能和进化机制,为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。
参考文献:
1. Holland, Peter W H, Marlétaz, Ferdinand, Maeso, Ignacio, Dunwell, Thomas L, Paps, Jordi. . New genes from old: asymmetric divergence of gene duplicates and the evolution of development. In Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences, 372, . doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27994121/
2. Filippini, Sandra E, Vega, Ana. 2013. Breast cancer genes: beyond BRCA1 and BRCA2. In Frontiers in bioscience (Landmark edition), 18, 1358-72. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23747889/
3. Hasty, Jeff, McMillen, David, Collins, J J. . Engineered gene circuits. In Nature, 420, 224-30. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12432407/
4. Du, Li-Lin. 2020. Resurrection from lethal knockouts: Bypass of gene essentiality. In Biochemical and biophysical research communications, 528, 405-412. doi:10.1016/j.bbrc.2020.05.207. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32507598/
5. Davidson, Eric, Levin, Michael. 2005. Gene regulatory networks. In Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, 4935. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15809445/