Snrpd3-KO 基因敲除小鼠

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产品名称

Snrpd3-KO 基因敲除小鼠

产品编号

S-KO-12226

品系全称

C57BL/6JCya-Snrpd3em1/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

KOCMP-67332-Snrpd3-B6J-VA

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Snrpd3-KO 基因敲除小鼠 mice (Strain S-KO-12226) were purchased from Cyagen.
交付类型
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基因型
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基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
small nuclear ribonucleoprotein D3
基因别称
1700043E15Rik,2310009E13Rik,SMD3
染色体号
Chr 10 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_026095.4 | Ensembl: ENSMUST00000020397
修饰方式
全身性基因敲除
靶向范围
Exon 3
敲除长度
~193 bp
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
Snrpd3,也称为小核核糖核蛋白Sm D3,是一种核心剪接体蛋白,属于剪接体中的Sm蛋白家族。Sm蛋白是剪接体的重要组成部分,参与前体信使RNA(pre-mRNA)的剪接过程,该过程是基因表达调控的关键步骤之一。Snrpd3在维持剪接的准确性和效率中发挥着重要作用,通过识别和结合pre-mRNA上的剪接位点,确保正确的内含子和外显子被选择,进而生成成熟的mRNA,这些mRNA随后被翻译成蛋白质。

在神经母细胞瘤中,Snrpd3的表达与MYCN癌基因的表达密切相关。MYCN是一种已知的神经母细胞瘤发展中的关键驱动因子,它能够上调Snrpd3的表达。研究发现,Snrpd3在神经母细胞瘤组织中的高mRNA表达是患者预后不良的独立预测因子。当Snrpd3的表达受到抑制时,神经母细胞瘤细胞在体外形成的集落数量减少,体内的致瘤性也降低。MYCN通过直接结合Snrpd3,并促进蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT5的增加,从而提高Snrpd3的甲基化水平。PRMT5的抑制剂JNJ-64619178能够降低神经母细胞瘤细胞中Snrpd3的甲基化和细胞活力。这些发现表明,MYCN和Snrpd3之间存在功能性关系,共同维持神经母细胞瘤细胞生长所需的精确剪接平衡。Snrpd3的甲基化和其与MYCN的蛋白质-蛋白质界面代表了神经母细胞瘤治疗的新靶点[1]。

在癌症中,Snrpd3的突变也与疾病的进展和耐药性相关。研究发现,Snrpd3 G96V突变赋予细胞对缺氧的抵抗性,这是因为突变导致剪接体功能异常,影响了与线粒体分裂相关的基因DNM1L的剪接模式。突变细胞中的线粒体过度片段化,而使用DRP1抑制剂Mdivi-1可以恢复突变细胞的线粒体形态,并减弱其缺氧抵抗性。这表明,靶向Snrpd3 G96V突变与DRP1抑制剂可能是治疗具有剪接体异常的癌症的一种潜在策略[2]。

RNA干扰(RNAi)技术被广泛用于基因功能研究,但非靶向shRNA可能引起脱靶效应,导致数据解读错误。研究发现,非靶向shRNA控制SHC016在多种细胞系中沉默了Snrpd3的表达,导致细胞死亡或永久性生长停滞。通过CRISPRi技术敲低Snrpd3表达,复制了SHC016表达的效果。这些发现强调了在RNAi实验中使用适当非靶向对照的重要性,以避免脱靶效应导致的假阳性结果[3]。

在非小细胞肺癌(NSCLC)中,沉默Snrpd3等核心剪接体Sm基因的表达,会导致蛋白酶体亚基β3(PSMB3)mRNA的剪接模式发生改变,产生一种缩短的PSMB3-S变体。这种剪接模式的改变仅在NSCLC细胞中观察到,而在非恶性细胞中则没有。高表达的PSMB3与NSCLC患者的较差生存率相关。沉默全长PSMB3-L变体,而不是PSMB3-S变体,会导致细胞毒性并伴随蛋白酶体活性的降低。这表明,在NSCLC细胞中,沉默Sm基因可能通过改变PSMB3 mRNA的剪接模式,从而影响肿瘤细胞的生长和存活[4]。

在乳腺癌中,通过整合DNA甲基化和基因表达数据,研究发现Snrpd3的表达与乳腺癌的发生和发展相关。Snrpd3的表达水平与乳腺癌患者的临床预后相关,并且在基因网络分析中被确定为潜在的治疗靶点[5]。

此外,在黑色素瘤中,Snrpd3被确定为与转移和预后相关的基因之一。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA),Snrpd3被鉴定为与黑色素瘤转移和预后相关的核心基因。Snrpd3的表达水平在转移组中显著高于非转移组,并且与患者的较差预后相关。这些发现表明,Snrpd3可能成为黑色素瘤转移和预后的生物标志物和治疗靶点[6]。

在胸腺细胞的选择过程中,转录因子Foxa1和Foxa2通过调节剪接因子的表达,包括Snrpd3,来调控RNA剪接。Foxa1和Foxa2的缺失会导致胸腺细胞选择过程中RNA剪接的失调,影响T细胞的发育。这表明,Snrpd3在T细胞发育和免疫系统的功能中发挥着重要作用[7]。

综上所述,Snrpd3作为一种核心剪接体蛋白,在多种生物学过程中发挥着重要作用。Snrpd3的表达和功能失调与多种癌症的发生和发展相关,包括神经母细胞瘤、肺癌、乳腺癌和黑色素瘤。此外,Snrpd3还参与了T细胞发育和免疫系统的功能。因此,Snrpd3可能成为癌症治疗和免疫系统疾病治疗的潜在靶点。未来的研究需要进一步探讨Snrpd3在疾病发生发展中的具体作用机制,以及其作为治疗靶点的潜在应用价值。

参考文献:
1. Salib, Alice, Jayatilleke, Nisitha, Seneviratne, Janith A, Carter, Daniel R, Marshall, Glenn M. 2023. MYCN and SNRPD3 cooperate to maintain a balance of alternative splicing events that drives neuroblastoma progression. In Oncogene, 43, 363-377. doi:10.1038/s41388-023-02897-y. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38049564/
2. Satoh, Shingo, Miyake, Kotaro, Adachi, Yuichi, Takeda, Yoshito, Kumanogoh, Atsushi. 2024. Cancer-associated SNRPD3 mutation confers resistance to hypoxia, which is attenuated by DRP1 inhibition. In Biochemical and biophysical research communications, 696, 149511. doi:10.1016/j.bbrc.2024.149511. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38241813/
3. Czarnek, Maria, Sarad, Katarzyna, Karaś, Agnieszka, Kochan, Jakub, Bereta, Joanna. 2021. Non-targeting control for MISSION shRNA library silences SNRPD3 leading to cell death or permanent growth arrest. In Molecular therapy. Nucleic acids, 26, 711-731. doi:10.1016/j.omtn.2021.09.004. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34703654/
4. Blijlevens, Maxime, Komor, Malgorzata A, Sciarrillo, Rocco, Fijneman, Remond J A, van Beusechem, Victor W. 2020. Silencing Core Spliceosome Sm Gene Expression Induces a Cytotoxic Splicing Switch in the Proteasome Subunit Beta 3 mRNA in Non-Small Cell Lung Cancer Cells. In International journal of molecular sciences, 21, . doi:10.3390/ijms21124192. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32545483/
5. Zhang, Yuanyuan, Zhang, Junying, Liu, Zhaowen, Liu, Yajun, Tuo, Shouheng. 2015. A network-based approach to identify disease-associated gene modules through integrating DNA methylation and gene expression. In Biochemical and biophysical research communications, 465, 437-42. doi:10.1016/j.bbrc.2015.08.033. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26282201/
6. Chen, Ying, Wang, Dan, Li, Qingyun, Chen, Qiong, Chen, Yang. 2022. Identification of Three Genes Associated with Metastasis in Melanoma and Construction of a Predictive Model: A Multiracial Identification. In Journal of oncology, 2022, 4567063. doi:10.1155/2022/4567063. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35637857/
7. Lau, Ching-In, Rowell, Jasmine, Yanez, Diana C, Ono, Masahiro, Crompton, Tessa. 2021. The pioneer transcription factors Foxa1 and Foxa2 regulate alternative RNA splicing during thymocyte positive selection. In Development (Cambridge, England), 148, . doi:10.1242/dev.199754. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34323272/