Scaf8-KO 基因敲除小鼠

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产品名称

Scaf8-KO 基因敲除小鼠

产品编号

S-KO-00458

品系全称

C57BL/6JCya-Scaf8em1/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

KOCMP-106583-Scaf8-B6J-VA

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Scaf8-KO 基因敲除小鼠 mice (Strain S-KO-00458) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量

基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
SR-related CTD-associated factor 8
基因别称
A630086M08Rik,A930036P18Rik,Rbm16,mKIAA1116
染色体号
Chr 17 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_134123.3 | Ensembl: ENSMUST00000076734
修饰方式
全身性基因敲除
靶向范围
Exon 4~5
敲除长度
~3950 bp
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
基因Scaf8,也称为SR相关CTD相关因子8,是一种RNA结合蛋白,主要与RNA聚合酶II(RNAPII)的羧基末端域(CTD)相互作用。Scaf8在RNA处理和转录终止中发挥重要作用。Scaf8与高度磷酸化的RNAPII CTD结合,磷酸化位点位于丝氨酸2和丝氨酸5。这种结合导致Scaf8在转录延伸过程中与RNAPII复合体相关联,并在转录终止过程中发挥作用[7]。

Scaf8与另一个RNA结合蛋白Scaf4共同作为mRNA抗终止因子,抑制早期、替代性多腺苷酸化(polyA)位点的使用。Scaf4/8蛋白结合在高度磷酸化的RNAPII CTD上,并在早期、替代性polyA位点处检测到。在人类细胞中,Scaf4和Scaf8的敲除会导致多腺苷酸化选择和早期终止的异常,从而导致截短的mRNA和蛋白质的表达,这些蛋白质缺乏功能性结构域,并可能导致细胞死亡[1]。尽管Scaf4和Scaf8在抑制早期mRNA终止方面具有冗余作用,但它们还具有独立、非必需的功能。Scaf8是一种RNAPII延伸因子,而Scaf4则在Scaf8存在的情况下,需要正确终止在典型、远端转录终止位点[1]。

此外,Scaf8还参与调节细胞焦亡。研究表明,circRNA-SR-related CTD associated factor 8(circRNA-SCAF8)在高糖环境下可以促进血管内皮细胞焦亡。circRNA-SCAF8通过调节miR-93-5p/TXNIP轴来发挥其作用。在高糖环境下,抑制circRNA-SCAF8的表达可以增加细胞存活率,减少细胞焦亡,并降低焦亡相关因子的表达,如TXNIP、NLRP-3、caspase-1、GSDMD、ASC、IL-18和IL-1β等[2]。

Scaf8还参与了RNA结合蛋白对可变剪接结果的调节。研究发现,Scaf8能够激活外显子的包含,并参与数百个内源性剪接事件的调控[3]。此外,Scaf8还与RNA聚合酶II复合体的延伸因子特异性捕获有关,这表明Scaf8在转录延伸和3'端加工中具有特定的功能[4]。

Scaf8还与转录因子之间的相互作用有关。研究开发了一种称为Blocker-SELEX的结构指导设计策略,用于开发抑制性适配体(iAptamers),这些适配体可以特异性地阻断转录因子之间的相互作用。研究发现,iAptamers可以破坏Scaf4/SCAF8-RNAP2的相互作用,导致RNAP2依赖性基因表达的失调,从而抑制细胞增殖[5]。

此外,Scaf8的遗传变异与糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变的发生有关。研究发现,位于Scaf8-CNKSR3基因中的rs955333变异与糖尿病视网膜病变相关,而与糖尿病肾病无关[6]。

综上所述,Scaf8是一种重要的RNA结合蛋白,在RNA处理、转录终止、细胞焦亡、RNA结合蛋白对可变剪接结果的调节、转录因子之间的相互作用以及遗传变异与疾病发生等方面发挥着重要作用。Scaf8的研究有助于深入理解RNA结合蛋白的生物学功能和疾病发生机制,为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。

参考文献:
1. Gregersen, Lea H, Mitter, Richard, Ugalde, Alejandro P, Stewart, Aengus, Svejstrup, Jesper Q. 2019. SCAF4 and SCAF8, mRNA Anti-Terminator Proteins. In Cell, 177, 1797-1813.e18. doi:10.1016/j.cell.2019.04.038. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31104839/
2. Wang, Bing, Yu, Xinyu, Chen, Tianchi, Zheng, Xiangtao, Wu, Ziheng. . CircRNA-SCAF8 promotes vascular endothelial cell pyroptosis by regulating the miR-93-5p/TXNIP axis. In Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences, 52, 473-484. doi:10.3724/zdxbyxb-2023-0091. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37643981/
3. Schmok, Jonathan C, Jain, Manya, Street, Lena A, Jovanovic, Marko, Yeo, Gene W. 2024. Large-scale evaluation of the ability of RNA-binding proteins to activate exon inclusion. In Nature biotechnology, 42, 1429-1441. doi:10.1038/s41587-023-02014-0. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38168984/
4. Gregersen, Lea H, Mitter, Richard, Svejstrup, Jesper Q. 2022. Elongation factor-specific capture of RNA polymerase II complexes. In Cell reports methods, 2, 100368. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100368. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36590686/
5. Li, Tongqing, Liu, Xueying, Qian, Haifeng, Wu, Qin, Tan, Weihong. 2024. Blocker-SELEX: a structure-guided strategy for developing inhibitory aptamers disrupting undruggable transcription factor interactions. In Nature communications, 15, 6751. doi:10.1038/s41467-024-51197-w. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39117705/
6. Jin, Li, Wang, Tao, Jiang, Song, Jia, Weiping, Liu, Zhihong. 2017. The Association of a Genetic Variant in SCAF8-CNKSR3 with Diabetic Kidney Disease and Diabetic Retinopathy in a Chinese Population. In Journal of diabetes research, 2017, 6542689. doi:10.1155/2017/6542689. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28401168/
7. Becker, Roland, Loll, Bernhard, Meinhart, Anton. 2008. Snapshots of the RNA processing factor SCAF8 bound to different phosphorylated forms of the carboxyl-terminal domain of RNA polymerase II. In The Journal of biological chemistry, 283, 22659-69. doi:10.1074/jbc.M803540200. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18550522/