Ift56-flox 基因敲除小鼠

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产品名称

Ift56-flox 基因敲除小鼠

产品编号

S-CKO-19188

品系全称

C57BL/6JCya-Ift56em1flox/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

CKOCMP-264134-Ift56-B6J-VB

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Ift56-flox 基因敲除小鼠 mice (Strain S-CKO-19188) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量
cKO小鼠库模型

基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
intraflagellar transport 56
基因别称
9330141E21Rik,9430097H08Rik,Ttc26,hop,hpy
染色体号
Chr 6 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_153600 | Ensembl: ENSMUST00000162554
修饰方式
条件性基因敲除
靶向范围
Exon 3~4
敲除长度
~3.1 kb
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
MGI:2444853Mice homozygous for a spontaneous nonsense mutation exhibit partial prenatal lethality, a hopping gait, preaxial polydactyly, male sterility due to lack of sperm flagella, impaired hearing, and patterning defects that are typical of impaired Hedgehog signaling.
Ift56是一种参与细胞内纤毛功能的基因。纤毛是细胞表面的一种细长突起,它们在细胞感知和信号传导中发挥着重要作用。Ift56基因编码的蛋白质与IFT-B复合物中的IFT46-IFT56二聚体相互作用,IFT-B复合物在正向和反向纤毛蛋白转运中起关键作用。KIF17是一种kinesin-2蛋白,它通过与IFT-B复合物相互作用,在纤毛蛋白转运中发挥重要作用。研究表明,KIF17与IFT46-IFT56二聚体相互作用,并且这种相互作用对于KIF17进入纤毛是必需的。此外,KIF17进入纤毛还依赖于其核定位信号(NLS)[10]。

基因复制和基因丢失是动物基因组进化中的常见事件,这种动态过程导致不同物种之间基因数量的差异。基因复制后,两个副本通常会以大致相同的速率积累序列变化。然而,在某些情况下,序列变化的积累非常不均匀,其中一个副本会与其同源基因产生显著差异。这种“不对称进化”在串联基因复制后比在基因组复制后更常见,并且可以产生新的基因。例如,在蛾类、软体动物和哺乳动物中,不对称进化在复制后的同源异型框基因中产生新的同源异型框基因,这些基因被招募到新的发育功能中[1]。

基因电路工程是一种重要的研究方法,它可以帮助我们理解细胞现象是如何从基因和蛋白质的连接中产生的。基因电路工程涉及到构建和分析构成网络的底层子模块,这些子模块可以被建模和定量分析。这种方法可以用来预测和评估细胞过程的动态,并可能产生新的细胞控制形式,这在功能基因组学、纳米技术和基因治疗等领域具有重要意义[2]。

基因片段是基因序列的一部分,它们可以编码蛋白质或RNA分子。基因片段可以通过基因复制或基因丢失等进化事件产生。基因片段的研究可以帮助我们了解基因结构和功能的演化过程,以及它们在不同生物学过程中的作用[3]。

MHC基因的表达受到多种转录因子的调控,这些转录因子与MHC基因的启动子区域相互作用。例如,H-2RIIBP/RXR beta、NK kappa B、I-kappa B、hXBP-1和NF-Y等转录因子在MHC基因的调控中发挥着重要作用。通过研究这些转录因子的功能,我们可以更好地理解MHC基因的表达调控机制[4]。

钙信号传导在基因表达中起着重要作用。细胞内的钙离子浓度变化可以激活钙依赖性酶,包括钙敏感蛋白激酶和磷酸酶。钙信号传导可以影响基因表达,包括转录起始和转录延伸。钙信号传导可以通过磷酸化结合蛋白来调节转录起始,从而影响基因表达。此外,钙信号传导还可以影响转录延伸,例如,在c-fos基因中,钙信号传导可以促进转录延伸,并且与内含子序列和启动子区域的转录控制密切相关[5]。

基因调节可以通过重组酶介导的可逆和条件基因调节系统来实现。例如,通过Cre介导的稳定反转基因陷阱报告基因,可以实现基因失活和报告基因表达。此外,通过Flp依赖性删除反转基因陷阱,可以实现基因的可逆和条件恢复。这种基因调节系统可以用于研究基因在多种生理条件下的功能[6]。

植物启动子数据库(PPDB)是一个基于网络的数据库,它提供了Arabidopsis、水稻、杨树和Physcomitrella patens等植物基因组的启动子信息。PPDB通过生物信息学方法识别启动子结构,并将它们与转录起始位点(TSSs)和生理功能相关联。此外,PPDB还与PLACE数据库连接,并使用大规模基因表达数据预测启动子的生理功能[7]。

人类基因共表达分析工具(HGCA2.0)是一个基于RNA-Seq的在线工具,它可以分析人类基因的全球共表达景观。HGCA2.0基于3500个GTEx RNA-Seq样本的共表达分析,这些样本代表了各种组织类型的最佳代表性样本。HGCA2.0可以展示与目标基因共表达的基因亚族,并进行各种基因功能富集分析,包括基因本体论、生物通路、蛋白质家族和疾病。HGCA2.0可以帮助我们识别基因之间的相互作用和共同生物学过程,为实验验证提供假设[8]。

基因的表达可以通过顺式作用DNA序列进行调节,这些序列包括正调控和负调控元件。这些元件通常由短的(10-12个碱基对)识别元件组成,它们可以与特定的转录因子相互作用。转录因子的激活可以通过共价修饰或蛋白质结构的变构变化来实现。转录因子的修饰在真核基因调控机制中发挥着重要作用[9]。

综上所述,Ift56基因在纤毛蛋白转运和细胞内信号传导中发挥着重要作用。Ift56基因编码的蛋白质与IFT-B复合物相互作用,并且这种相互作用对于KIF17进入纤毛是必需的。基因复制和基因丢失是动物基因组进化中的常见事件,这种动态过程导致不同物种之间基因数量的差异。基因电路工程、基因片段、MHC基因表达调控、钙信号传导、基因调节系统和植物启动子数据库等研究方法和技术,为我们提供了深入了解基因结构和功能演化过程以及基因表达调控机制的工具。通过这些研究,我们可以更好地理解基因在生物学过程中的作用,并为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。

参考文献:
1. Holland, Peter W H, Marlétaz, Ferdinand, Maeso, Ignacio, Dunwell, Thomas L, Paps, Jordi. . New genes from old: asymmetric divergence of gene duplicates and the evolution of development. In Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences, 372, . doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27994121/
2. Hasty, Jeff, McMillen, David, Collins, J J. . Engineered gene circuits. In Nature, 420, 224-30. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12432407/
3. Mateles, R I. . Gene fragments. In Bio/technology (Nature Publishing Company), 10, 456. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1368495/
4. Ting, J P, Baldwin, A S. . Regulation of MHC gene expression. In Current opinion in immunology, 5, 8-16. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8452678/
5. van Haasteren, G, Li, S, Muda, M, Susini, S, Schlegel, W. . Calcium signalling and gene expression. In Journal of receptor and signal transduction research, 19, 481-92. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10071779/
6. Robles-Oteiza, Camila, Taylor, Sarah, Yates, Travis, Jacks, Tyler, Feldser, David M. 2015. Recombinase-based conditional and reversible gene regulation via XTR alleles. In Nature communications, 6, 8783. doi:10.1038/ncomms9783. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26537451/
7. Kusunoki, Kazutaka, Yamamoto, Yoshiharu Y. . Plant Promoter Database (PPDB). In Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1533, 299-314. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27987179/
8. Zogopoulos, Vasileios L, Malatras, Apostolos, Kyriakidis, Konstantinos, Iconomidou, Vassiliki A, Michalopoulos, Ioannis. 2023. HGCA2.0: An RNA-Seq Based Webtool for Gene Coexpression Analysis in Homo sapiens. In Cells, 12, . doi:10.3390/cells12030388. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36766730/
9. Maniatis, T, Goodbourn, S, Fischer, J A. . Regulation of inducible and tissue-specific gene expression. In Science (New York, N.Y.), 236, 1237-45. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3296191/
10. Funabashi, Teruki, Katoh, Yohei, Michisaka, Saki, Sugawa, Maho, Nakayama, Kazuhisa. 2017. Ciliary entry of KIF17 is dependent on its binding to the IFT-B complex via IFT46-IFT56 as well as on its nuclear localization signal. In Molecular biology of the cell, 28, 624-633. doi:10.1091/mbc.E16-09-0648. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28077622/