Ddx39b-flox 基因敲除小鼠

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产品名称

Ddx39b-flox 基因敲除小鼠

产品编号

S-CKO-11639

品系全称

C57BL/6JCya-Ddx39bem1flox/Cya

品系背景

C57BL/6JCya

品系编号

CKOCMP-53817-Ddx39b-B6J-VA

品系状态

使用本品系发表的文献需注明: Ddx39b-flox 基因敲除小鼠 mice (Strain S-CKO-11639) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量
cKO小鼠库模型

基本信息

基因研究概述

质控标准

基因
基因全称
DEAD box helicase 39b
基因别称
0610030D10Rik,Bat-1,Bat1,Bat1a,D17H6S81E,D17H6S81E-1,D6S81Eh
染色体号
Chr 17 (Mouse)
转录本 ID
NCBI: NM_001252457 | Ensembl: ENSMUST00000172549
修饰方式
条件性基因敲除
靶向范围
Exon 3~4
敲除长度
~2.5 kb
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成,建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献,以获取最准确的表型信息。
表型提示
MGI:99240Mice homozygous for a null allele exhibit complete preweaning lethality while mice heterozygous for the allele exhibit increased susceptibility to gamma radiation.
基因DDX39B属于DEAD-box RNA解旋酶家族,在RNA代谢中发挥关键作用,其功能涉及RNA的转录、剪接、转运和降解等多个环节。DEAD-box RNA解旋酶通过其保守的DEAD-box结构域,利用ATP水解提供的能量,改变RNA的二级结构,从而影响RNA的生物学功能。DDX39B在维持基因组稳定性和调控细胞生物学功能中具有重要作用。

在结直肠癌(CRC)中,研究发现DDX39B的表达水平与肝转移和肿瘤的侵袭性表型相关。DDX39B的过表达可以促进CRC细胞的增殖、迁移和侵袭,而DDX39B缺乏的CRC细胞则表现出相反的结果。DDX39B通过直接与PKM2相互作用,稳定PKM2并促进其核转位,进而激活癌基因和糖酵解相关基因的转录。因此,DDX39B通过增强葡萄糖摄取和乳酸产生,激活Warburg效应,促进CRC的恶性发展[1]。

DEAD-box RNA解旋酶在维持基因组稳定性方面也具有重要作用。DDX39B等DEAD-box RNA解旋酶可以调节基因组稳定性相关因子的表达,防止DNA损伤,并直接参与DNA损伤的响应和修复。DDX39B等DEAD-box RNA解旋酶在癌症发展中的作用与其在维持基因组稳定性中的作用密切相关,这为癌症的治疗提供了新的思路[2]。

在膀胱癌中,研究发现DDX39B的SUMO化修饰可以调节circNCOR1的核质转运,进而影响TGFβ-SMAD信号通路的激活和膀胱癌的淋巴结转移。SUMO化修饰的DDX39B可以激活circNCOR1的核输出,抑制circNCOR1对TGFβ-SMAD信号通路的抑制作用,从而促进膀胱癌的淋巴结转移[3]。

DDX39B还可以通过激活FOXP3 RNA剪接,控制调节性T细胞(Treg)的命运。DDX39B的敲低导致免疫调节基因表达减少,免疫效应基因表达增加。FOXP3剪接对DDX39B水平的变化非常敏感。FOXP3在自身免疫中发挥着重要作用,因此,DDX39B被认为是免疫耐受的重要调节因子[4]。

在疟疾中,DDX39B的基因多态性与临床结局相关。DDX39B基因的G等位基因与疟疾的临床表现减少相关,而C等位基因则与疾病并发症的风险增加相关。DDX39B基因的SNP与TNF和IL6基因的SNP之间存在相互作用,共同影响疟疾的临床结局[5]。

DDX39A和DDX39B是高度同源的RNA解旋酶,它们在RNA剪接中具有重叠的功能,但也存在特定的功能。DDX39B在调节重要免疫转录本IL7R和FOXP3的剪接中发挥重要作用。尽管DDX39A和DDX39B具有高度的功能冗余,但它们对特定的前mRNA剪接具有选择性要求[6]。

DDX39B在卵巢癌中发挥重要作用。DDX39B通过结合并稳定BRCA1 mRNA,促进DNA修复,使卵巢癌细胞对DNA损伤化疗药物如顺铂或PARPi敏感。DDX39B缺乏的小鼠表现出与BRCA1缺乏相似的现象,如胚胎死亡或发育迟缓。因此,抑制DDX39B的表达可以增强BRCA1阳性卵巢癌的化疗效果[7]。

在肾细胞癌(ccRCC)中,DDX39B的表达水平与患者的总生存期(OS)相关。DDX39B的表达与PD-L1和其他免疫调节因子的表达呈正相关,与细胞毒性T淋巴细胞和HDAC10外显子3的表达呈负相关。DDX39B基因的表达与ccRCC患者的预后相关,并可能通过增强HDAC10外显子3的跳跃来增加PD-L1的表达,从而促进免疫检查点抑制剂(ICI)的治疗效果[8]。

在肝细胞癌(HCC)中,DDX39B的表达水平与患者的预后相关。DDX39B通过直接与SREBP1相互作用,稳定SREBP1蛋白,促进其核转位和下游基因的转录,从而促进HCC的恶性进展[9]。

此外,DDX39B还可以通过选择性剪接影响蛋白质的功能。例如,Chtop中的神经外显子可以调节其与Prmt1甲基转移酶和DDX39b/a RNA解旋酶的相互作用,影响Chtop的甲基化和活性,从而促进RNA的输出。Sap30bp中的神经外显子可以调节其与RNA处理因子的相互作用,影响Sap30bp在促进小于100nt的“迷你内含子”剪接中的作用,进而控制核RNA水平[10]。

综上所述,DDX39B在多种生物学过程中发挥重要作用,包括RNA代谢、基因组稳定性、细胞生物学功能调控和疾病发生。DDX39B的研究有助于深入理解RNA代谢和疾病发生机制,为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。

参考文献:
1. Zhao, Gang, Yuan, Hang, Li, Qin, Li, Kai, Lin, Ping. 2022. DDX39B drives colorectal cancer progression by promoting the stability and nuclear translocation of PKM2. In Signal transduction and targeted therapy, 7, 275. doi:10.1038/s41392-022-01096-7. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35973989/
2. Cargill, Michael, Venkataraman, Rasika, Lee, Stanley. 2021. DEAD-Box RNA Helicases and Genome Stability. In Genes, 12, . doi:10.3390/genes12101471. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34680866/
3. An, Mingjie, Zheng, Hanhao, Huang, Jian, Chen, Changhao, Lin, Tianxin. . Aberrant Nuclear Export of circNCOR1 Underlies SMAD7-Mediated Lymph Node Metastasis of Bladder Cancer. In Cancer research, 82, 2239-2253. doi:10.1158/0008-5472.CAN-21-4349. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35395674/
4. Hirano, Minato, Galarza-Muñoz, Gaddiel, Nagasawa, Chloe, Bradrick, Shelton, Garcia-Blanco, Mariano A. 2023. The RNA helicase DDX39B activates FOXP3 RNA splicing to control T regulatory cell fate. In eLife, 12, . doi:10.7554/eLife.76927. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37261960/
5. Mendonça, Vitor R R, Souza, Ligia C L, Garcia, Gabriela C, Gonçalves, Marilda S, Barral-Netto, Manoel. 2014. DDX39B (BAT1), TNF and IL6 gene polymorphisms and association with clinical outcomes of patients with Plasmodium vivax malaria. In Malaria journal, 13, 278. doi:10.1186/1475-2875-13-278. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25038626/
6. Banerjee, Shefali, Nagasawa, Chloe K, Widen, Steven G, Garcia-Blanco, Mariano A. . Parsing the roles of DExD-box proteins DDX39A and DDX39B in alternative RNA splicing. In Nucleic acids research, 52, 8534-8551. doi:10.1093/nar/gkae431. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38801080/
7. Xu, Zhanzhan, Li, Xiaoman, Li, Hanxiao, Wang, Weibin, Wang, Jiadong. 2020. Suppression of DDX39B sensitizes ovarian cancer cells to DNA-damaging chemotherapeutic agents via destabilizing BRCA1 mRNA. In Oncogene, 39, 7051-7062. doi:10.1038/s41388-020-01482-x. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32989256/
8. Wei, Jinhuan, Lu, Jun, Cao, Yun, Luo, Junhang, Cao, Jiazheng. . DDX39B Predicts Poor Survival and Associated with Clinical Benefit of Anti-PD-L1 Therapy in ccRCC. In Current cancer drug targets, 21, 849-859. doi:10.2174/1568009621666210811115054. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34382524/
9. Feng, Tianyu, Li, Siqi, Zhao, Gang, Li, Kai, Lin, Ping. 2023. DDX39B facilitates the malignant progression of hepatocellular carcinoma via activation of SREBP1-mediated de novo lipid synthesis. In Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands), 46, 1235-1252. doi:10.1007/s13402-023-00807-8. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37052853/
10. Roth, Jonathan F, Braunschweig, Ulrich, Wu, Mingkun, Gingras, Anne-Claude, Blencowe, Benjamin J. . Systematic analysis of alternative exon-dependent interactome remodeling reveals multitasking functions of gene regulatory factors. In Molecular cell, 83, 4222-4238.e10. doi:10.1016/j.molcel.2023.10.034. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38065061/