Purb基因编码腺苷酰琥珀酸裂解酶(ASL),该酶在嘌呤生物合成途径中发挥着关键作用。ASL催化从肌苷酸(IMP)到腺苷酸(AMP)的两步反应中的最后一步,同时也在IMP的从头合成途径中发挥着重要作用。Purb基因在多种生物体中都有发现,包括细菌、真菌、植物和动物,其功能和调节机制在不同物种中有所不同。
在细菌中,如大肠杆菌,Purb基因位于一个操纵子上,与编码非必需但功能未知的膜相关蛋白的基因ORF23共转录。这个操纵子位于phoP基因和另一个表达必需功能基因的ORF之间,可能与asuE(trmU)相对应。ASL被纯化到近均质状态,是一种50 kDa亚基的同源四聚体,对S-AMP的Km为3.7微摩尔,pH最适值为7.4-7.6[1]。
在哺乳动物中,Purb基因编码的蛋白质称为Purβ,是一种转录因子,参与基因表达的调控。Purβ可以与DNA中的嘌呤丰富元件结合,影响基因的转录。Purβ在细胞分化、发育和疾病发生中发挥着重要作用。例如,Purβ在肌肉细胞生长和骨骼肌发育中发挥着重要作用。Circular RNA circTTN可以招募Purβ蛋白到Titin(TTN)基因的启动子区域,抑制TTN基因的表达,从而抑制肌肉细胞的增殖和分化[2]。
Purb基因的表达受到多种因素的调节。在大肠杆菌中,Purb基因的表达受到嘌呤池和purR基因的调节。purR基因编码一种嘌呤抑制蛋白,可以结合到Purβ基因的启动子上,抑制Purβ基因的表达。在大肠杆菌中,Purβ基因的表达也受到phoP基因的调节。phoP基因编码一种磷酸转移酶,可以磷酸化Purβ蛋白,从而抑制Purβ蛋白的活性。
在哺乳动物中,Purb基因的表达受到多种因素的调节。例如,在牛乳腺上皮细胞中,氨基酸Met和Leu可以增加Purβ的表达和核定位。过表达Purβ可以增加牛奶蛋白和脂肪的合成,以及mTOR和SREBP-1c的表达。而Purβ的敲低则具有相反的效果。Purβ可以结合到mTOR和SREBP-1c基因的启动子上,并且这些结合可以被Met和Leu的刺激增加。这表明Purβ是氨基酸诱导的PI3K调节的牛奶蛋白和脂肪合成在牛乳腺上皮细胞中的正调节因子[4]。
Purb基因在根际定殖中也发挥着重要作用。例如,在植物病原菌Pantoea agglomerans中,Purβ基因的破坏导致其根际定殖能力下降。这是因为Purβ基因编码的ASL对于根际定殖是必需的。Purβ基因的破坏导致P. agglomerans形成的外多糖和生物膜减少,从而影响其在根际的生存和定殖[5]。
Purb基因还参与组织特异性和谱系特异性基因的长期沉默。例如,在miRNA介导的细胞命运重编程中,Cbx1、Purβ和Sp3蛋白被下调,可以诱导成纤维细胞分化为心肌细胞。Cbx1、Purβ和Sp3蛋白可以形成复合物,并将核小体定位到心肌基因上,从而抑制心肌基因的表达。此外,Cbx1、Purβ和Sp3蛋白的表达可以导致H3K27me3(组蛋白H3赖氨酸27的三甲基化)的沉积,从而影响基因表达[6]。
Purb基因在肿瘤发生和发展中也发挥着重要作用。例如,在胆管癌中,Circular RNA circUGP2可以与Purβ蛋白相互作用,抑制ADGRB1基因的转录,从而抑制p53信号通路,促进胆管癌的发生和发展[7]。在卵巢癌中,LINC01320可以与Purβ蛋白相互作用,抑制DDB2基因的转录,从而促进NEDD4L的表达和TGF-β/SMAD信号通路的抑制,最终促进卵巢癌的发生和发展[9]。
Purb基因在骨骼肌分化中也发挥着重要作用。例如,在C2C12细胞模型中,Cbx1和Purβ的敲低可以增加肌管的形成,而Sp3的敲低则抑制肌管的形成。这表明Sp3在心脏和骨骼肌分化中发挥着不同的作用。此外,Sp3的敲低还可以抑制肌肉特异性基因的表达。这表明Cbx1、Purβ和Sp3蛋白可以通过改变核小体的位置来影响基因表达[8]。
综上所述,Purb基因在多种生物学过程中发挥着重要作用,包括细菌和哺乳动物的嘌呤生物合成、细胞分化、发育、疾病发生和发展。Purb基因的表达受到多种因素的调节,包括基因启动子区域的结合蛋白、转录因子和信号通路。Purb基因的研究有助于深入理解基因表达的调控机制,为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略[1][2][3][4][5][6][7][8][9]。
参考文献:
1. Green, S M, Malik, T, Giles, I G, Drabble, W T. . The purB gene of Escherichia coli K-12 is located in an operon. In Microbiology (Reading, England), 142 ( Pt 11), 3219-30. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8969519/
2. Ai, Nini, Yu, Zonggang, Xu, Xueli, Ma, Haiming, Yin, Yulong. 2023. Circular Intronic RNA circTTN Inhibits Host Gene Transcription and Myogenesis by Recruiting PURB Proteins to form Heterotypic Complexes. In International journal of molecular sciences, 24, . doi:10.3390/ijms24129859. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37373006/
3. He, B, Smith, J M, Zalkin, H. . Escherichia coli purB gene: cloning, nucleotide sequence, and regulation by purR. In Journal of bacteriology, 174, 130-6. doi:. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1729205/
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5. Chauhan, P S, Nautiyal, C S. 2009. The purB gene controls rhizosphere colonization by Pantoea agglomerans. In Letters in applied microbiology, 50, 205-10. doi:10.1111/j.1472-765X.2009.02779.x. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20002573/
6. Baksh, Syeda Samara, Pratt, Richard E, Gomez, José, Dzau, Victor J, Hodgkinson, Conrad P. 2022. A novel Cbx1, PurB, and Sp3 complex mediates long-term silencing of tissue- and lineage-specific genes. In The Journal of biological chemistry, 298, 102053. doi:10.1016/j.jbc.2022.102053. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35605661/
7. Chen, Rui Xiang, Liu, Shuo Chen, Kan, Xue Chun, Li, Chang Xian, Li, Xiang Cheng. 2024. CircUGP2 Suppresses Intrahepatic Cholangiocarcinoma Progression via p53 Signaling Through Interacting With PURB to Regulate ADGRB1 Transcription and Sponging miR-3191-5p. In Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany), 11, e2402329. doi:10.1002/advs.202402329. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39120980/
8. Harris, Sonalí, Anwar, Iqra, Baksh, Syeda S, Dzau, Victor J, Hodgkinson, Conrad P. 2024. Skeletal muscle differentiation induces wide-ranging nucleosome repositioning in muscle gene promoters. In Scientific reports, 14, 9396. doi:10.1038/s41598-024-60236-x. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38658615/
9. Wang, Gaigai, Xu, Bingya, Yu, Xiangling, Chen, Xia, Shen, Cong. 2024. LINC01320 facilitates cell proliferation and migration of ovarian cancer via regulating PURB/DDB2/NEDD4L/TGF-β axis. In Scientific reports, 14, 26233. doi:10.1038/s41598-024-78255-z. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39482389/