智鼠故事 
C57BL/6JCya-Pamem1flox/Cya 条件性基因敲除小鼠
复苏/繁育服务
产品名称：
Pam-flox
产品编号：
S-CKO-04162
品系背景：
C57BL/6JCya
* 使用本品系发表的文献需注明：Pam-flox mice (Strain S-CKO-04162) were purchased from Cyagen.
交付类型
周龄
性别
基因型
数量
只
基本信息
品系名称
C57BL/6JCya-Pamem1flox/Cya
品系编号
CKOCMP-18484-Pam-B6J-VA
产品编号
S-CKO-04162
基因名
Pam
品系背景
C57BL/6JCya
基因别称
PHM
NCBI号
修饰方式
条件性基因敲除
品系说明
该品系是基于策略设计时的数据库信息制作而成，建议您在购买前查询最新的数据库和相关文献，以获取最准确的表型信息。
小鼠表型
MGI:97475 Homozygous mutation of this gene results in embryonic lethality during fetal growth and development, edema, abnormal yolk sac vasculature, thin arterial walls, and abnormal bronchial epithelial morphology.
质控标准
精子检测
① 冷冻前验证精子活力观察
② 冷冻验证每批次进行复苏验证
品系状态
活体
环境标准
SPF
供应地区
中国
品系详情
Pam位于小鼠的1号染色体，采用基因编辑技术，通过高通量电转受精卵方式，获得Pam基因条件性敲除小鼠，性成熟后取精子冻存。
Pam-flox小鼠模型是由赛业生物（Cyagen）采用基因编辑技术构建的条件性敲除小鼠。Pam基因位于小鼠1号染色体上，由26个外显子组成，其中ATG起始密码子在2号外显子，TGA终止密码子在26号外显子。条件性敲除区域（cKO区域）位于3号外显子，包含121个碱基对的编码序列。删除该区域会导致小鼠Pam基因功能的丧失。Pam-flox小鼠模型的构建过程包括将核糖核蛋白（RNP）和靶向载体共同注入受精卵。随后，对出生的小鼠进行PCR和测序分析进行基因型鉴定。携带敲除等位基因的小鼠表现出胚胎期致死性、水肿、卵黄囊血管异常、动脉壁变薄和支气管上皮形态异常等症状。该模型可用于研究Pam基因在小鼠体内的功能，并探索其在相关疾病发生发展中的作用。
基因研究概述
PAM，即原间隔区相邻基序（Protospacer Adjacent Motif），是CRISPR-Cas系统中Cas蛋白识别并结合目标DNA序列的关键元件。PAM序列位于Cas蛋白识别的间隔区序列（Protospacer）的3'端，对于Cas蛋白识别和切割DNA至关重要。不同的Cas蛋白识别不同的PAM序列，例如SpCas9识别NGG序列，而SaCas9识别NNGRRT序列。PAM的存在和识别是Cas蛋白发挥功能的前提，也是限制其应用范围的重要因素。
近年来，科学家们通过蛋白质工程和定向进化等方法，对Cas蛋白的PAM识别特性进行了深入研究，成功开发出多种PAM灵活的Cas蛋白变体，扩大了CRISPR-Cas系统的应用范围。例如，研究人员通过逐步的结构指导突变，在SpdCas9的基础上创建了PAM灵活的变体SpdNG-LWQT，该变体能够识别5'-NRN-3' PAMs，从而实现了对几乎任何基因的ATG起始密码子的结合和基因抑制[1]。此外，通过替换SpCas9的PAM结合基序，研究人员成功创建了SedCas9-NQ变体，该变体能够识别NNG和NAA PAMs，并用于细菌中的基因表达调控[2]。
除了SpCas9，其他Cas蛋白如SaCas9、Cpf1等也已被开发出PAM灵活的变体。例如，SaCas9变体SaCas9-HF1能够识别NNGRRT和NNGRT PAMs，Cpf1变体Cpf1-2xN能够识别NNS PAMs。这些PAM灵活的Cas蛋白变体的开发，为CRISPR-Cas系统在基因编辑、基因治疗和合成生物学等领域的应用提供了更多的可能性。
在CRISPR-Cas系统中，PAM序列的识别和结合是Cas蛋白发挥功能的第一步。PAM序列的长度、位置和序列组成都对Cas蛋白的识别和结合至关重要。此外，PAM序列的变异也会影响Cas蛋白的识别和结合，从而影响CRISPR-Cas系统的效率和特异性。因此，PAM序列的识别和结合是CRISPR-Cas系统研究和应用的关键问题。
通过蛋白质工程和定向进化等方法，研究人员已经成功开发出多种PAM灵活的Cas蛋白变体，扩大了CRISPR-Cas系统的应用范围。这些PAM灵活的Cas蛋白变体在基因编辑、基因治疗和合成生物学等领域具有广泛的应用前景，为解决PAM序列的限制提供了新的思路和方法。
参考文献：
1. Wang, Jian, Teng, Yuxi, Zhang, Ruihua, Xie, Zhong-Ru, Yan, Yajun. 2021. Engineering a PAM-flexible SpdCas9 variant as a universal gene repressor. In Nature communications, 12, 6916. doi:10.1038/s41467-021-27290-9. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34824292/
2. Wang, Jian, Teng, Yuxi, Gong, Xinyu, Xie, Zhong-Ru, Yan, Yajun. 2022. Exploring and engineering PAM-diverse Streptococci Cas9 for PAM-directed bifunctional and titratable gene control in bacteria. In Metabolic engineering, 75, 68-77. doi:10.1016/j.ymben.2022.10.005. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36404524/
