虽然主观上我们很容易认为片段敲除对于蛋白功能域的影响更大，但其实移码跟片段敲除很多时候均可以达到理想的敲除效果。

无论是片段敲除还是移码突变均要考虑敲除片段是否为非3的倍数。即片段敲除除了要考虑敲除的片段区域之外，也要考虑敲除的区域能否引起移码突变。如果敲除的片段不能引起移码突变，蛋白仅仅是缺失了敲除区域对应的氨基酸序列，但蛋白的其他区域并不受影响。